显微成像平台是一个提供综合型光学显微镜使用服务的平台，满足免疫所和校内外各单位在显微成像、图像分析处理等多方面科研需求。平台拥有双光子显微镜、激光共聚焦显微镜、全组织玻片扫描系统、光片显微镜、体式荧光显微镜、正/倒置荧光显微镜等多种成像设备及图像分析处理工作站且配有专业分析软件，并有震动切片机、冰冻切片机和微波快速组织处理仪提供样品制备服务，以及提供动物组织活体成像前的手术操作服务。

平台现有双光子显微镜（Olympus FVMPE-RS)一台，激光共聚焦显微镜四台（转盘共聚焦超分辨显微SpinSR10, Olympus FV4000, Olympus FV3000, Leica SP8），全组织玻片扫描系统两台（VS200, Leica THUNDER DM 6），光片显微镜（LiTone XL）一台，高分辨全自动体式荧光显微镜（Leica THUNDER Imager M205FA）一台，普通正置、倒置和体式显微镜各一台。另有震动切片机（Leica VT1200S）、冰冻切片机（LeicaCM3050S）和微波快速组织处理仪（PELCO BioWave Pro+）各一台，数据分析工作站两个配有Imaris 和 HALO等软件。