上海交通大学医学院科技发展处承担医学院科研管理服务工作。在院领导的指导下对接国家战略需求，制订科技发展规划，着力提升医学院的科研竞争力。主要职能分计划（项目）管理、科技成果管理、知识产权、技术转移推进、基地平台建设管理、科研经费管理、科技统计等工作，下设4个科室。

计划管理科：主要职责-负责国家级、部委级、市级、局级、院级各类项目及各类人才培养计划的申报、组织实施、协调及总结验收等管理工作。

成果管理科：主要职责-负责科技成果的成果登记、申报国家、部委、上海市等各级科技成果奖；科技成果推广转化的组织协调、知识产权咨询、专利申请、学术交流和上海市产学研项目的组织管理；负责科技精英及各类社会团体奖励的申报。

基地平台建设科：主要职责-负责各类科研机构（研究所、中心、研究室）和国家、省部级、校重点实验室的申报、日常管理及考核、评估等基地平台工作。

综合管理科：主要职责-负责各类科技统计、校内科技奖励政策的实施、SCI论文发表情况的分析、学会联络、文科科研项目管理、科研管理信息系统平台管理、科研经费管理、部门预算的编制及办公室文秘、档案等日常事务处理工作。