医院管理处是负责医学院附属医院医疗管理和毕业后医学教育的职能部门，在医学院统一领导下，根据国家和上海市卫生健康和医教协同工作要求，对附属医院实行统筹规划、组织协调、规范指导等职能，主要开展以下工作：
负责加强附属医院优质医疗资源整合，推进国家医学中心、国家区域医疗中心、国家临床重点专科建设项目等国家级平台和项目建设；
负责附属医院行风建设工作；
负责附属医院毕业后医学教育的统筹管理，包括住院医师和专科医师规范化培训管理、考核、督导等各项工作；
配合国家和上海市卫健委对附属医院医疗质量和安全进行监督管理；
负责各医疗条线管理专业委员会的建设和工作指导；
负责直属附属医院医疗信访接待转办，配合市卫健委做好直属附属医院的维稳工作；
负责护理、药学、门急诊等科研项目的管理工作；
负责对口支援、医疗救援和保障的组织与协调工作；
保持与政府教育卫生行政部门和行业协会等的联系与沟通，完成上级相关部门交办的各项工作；
负责指导医学院红十字会及医疗门诊部工作的开展。
