生物化学与分子细胞生物学系是上海交通大学基础医学院最早设立的系部，立足生命科学发展趋势与学院学科整体布局而创建，现已成为学院学科建设的重要示范单位。通过建立现代化“PI制”学科管理体系，本系逐步构建起结构清晰、方向凝练的研究框架，形成了严谨务实、协作共进、积极进取的学术氛围。依托本系建设的“上海市肿瘤微环境与炎症重点实验室”纳入上海市高原学科建设序列，为医学科学研究的持续推进与医学卓越人才的系统培养提供了坚实支撑。围绕肿瘤、心血管疾病、代谢性疾病及神经系统疾病等重大健康问题，本系聚焦相关分子与细胞机制，从基因、蛋白质到复杂生物学过程开展交叉整合研究。近年来，以“代谢调控”为核心方向，通过高层次人才引进、科研资源整合与创新机制激励，持续深化基础理论探索，并稳步推进面向临床问题的转化研究。

自2009年筹建以来，本系累计承担各类科研项目291项，包括科技部973计划项目、国家自然科学基金重点项目及重大研究专项等，科研总经费逾1.05亿元。已发表SCI收录研究论文及受邀综述260余篇，荣获国家科技进步二等奖、教育部高等学校自然科学奖二等奖等多项奖励。本系同时是基础医学教育体系中的重要支柱，承担本科生、研究生及继续教育层面的生物化学、分子生物学与细胞生物学教学任务，始终坚持以科研反哺教学，在提升医学生科研素养与创新能力方面发挥了积极作用，荣获“上海市教育先锋号”称号。

目前本系共有13名PI，其中包括国家杰出青年科学基金获得者2名、国家优秀青年科学基金获得者1名、国家级高层次青年人才4名。全系现有在职教职员工55名，分布于各PI课题组及2个教学课程组，其中正教授（研究员）19名、副教授（副研究员）9名，博士生导师16名、硕士生导师9名，在站博士后15名。系内率先建立了体系化、规范化的研究生培养机制，已培养大批优秀毕业生，在读研究生87名（博士生56名、硕士生31名）。研究生培养体系已成为学院示范项目，并为科研工作的可持续发展提供了制度保障。本系高度重视PI梯队建设与青年学者成长，已有4名PI获聘上海交通大学医学院特聘教授，多名青年研究人员晋升为副研究员，人才结构持续优化，发展态势稳健。