上海交通大学医学院病理学系以基础医学院病理学科和瑞金医院病理科为核心，结合上海市第一人民医院病理中心以及仁济医院、新华医院、第九人民医院、第六人民医院、同仁医院等附属医院病理科。病理学系承担交大医学院本科生和研究生的病理教学，基础与临床研究、临床病理诊断以及医疗纠纷尸检工作，秉承着“医是本，教是脉，研是魂”的策略。

病理学系核心单位现有高级职称15名，中级职称23名，初级职称19名。现任系主任为王朝夫教授，下设分管教学、科研、信息及对外交流等多名副主任。

2020年2月本系有5位教师赴武汉参加一线抗疫，从事新冠肺炎的病理尸检工作，出色地完成国家卫健委指派的任务。其中，王朝夫荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人，蔡军、赵雷和费晓春荣获上海市抗击新冠肺炎疫情先进个人。

教育教学：病理学系为本科生开设病理学和法医学，年课时数约1300学时，并承担PBL、RBL、CBL和大学生科研轮训等相关教学活动。病理学系主编系统整合教材《心血管系统》，参编《病理学》（8年制，人卫版）、《病理学》（5年制，第七版，第九版，人卫版）等规划教材，自编病理学多媒体课件、《病理学实验指导》、《组织化学与免疫组织化学》等教材，近年来在核心期刊发表多篇教学论文。

科学研究：病理学系具有较强的科研实力及科研基础，现有博士生导师2名，硕士生导师5名，作为国家首批由卫生部批准的上海市第一家临床病理住院医师规范化培训基地，卫生部病理生理学重点学科、上海交通大学医学院病理生理学博士和硕士培养点，已培养博士及硕士数十名；近年来牵头承担了多项国家级、省市级科研项目，以第一作者或通讯作者发表SCI论著及核心期刊近百篇。王朝夫教授主要从事肿瘤的发生及分子机制、肿瘤的早期诊断及预后研究。2017年荣获第七届上海交通大学“凯原十佳教师奖”；2018年荣获第十届上海交通大学“红烛奖”。医学院特聘教授傅国辉教授，其课题组目前主要研究方向包括肿瘤的分子分型与靶向治疗，肿瘤微环境与细胞免疫治疗，以及人工智能诊断与大数据在病理诊断中的应用等。在胃癌和乳腺癌的分子分型和靶向治疗研究中取得了突破性进展。王旭博士是病理学系2021年从美国哈佛大学引进的PI，获得上海市海外高层次人才、浦江计划等人才项目，其课题组专注于超灵敏分析技术的开发，检测蛋白质、酶活性、核酸、小分子等生物标志物，用于癌症、心血管疾病和神经退行性疾病的早检和诊断。

临床病理诊断：病理学系最具诊断特色领域为淋巴造血系统病理、消化系统病理（胃肠、胰腺）、内分泌病理、骨软组织病理、泌尿系统病理和乳腺病理。通过与临床多学科讨论，联合诊断了大量的临床疑难杂症。2020年已完成外检9.3万余例，冰冻1.4万余例， TCT 4万余例等，已开展癌基因突变检测、基因克隆性重排检测、基因片段分析、微卫星不稳定检测、及人类乳头状瘤病毒（HPV）分型、高通量测序等项目，为临床靶向治疗、个体化治疗乃至精准医疗提供更多的客观证据。

病理尸检：病理学系是上海市卫健委指定的医疗事故争议尸解鉴定机构之一，承担上海市医疗纠纷尸检工作，年均约30例。病理尸检分析对医疗纠纷的处理给予了有力的支持和帮助，并为教学提供大量素材。积极尝试将VR技术引入病理尸检实验教学中，丰富教学内容，提高教学创新能力。