每个房间放置两笼哨兵鼠（每个房间一笼），每笼饲养四只小鼠，哨兵鼠笼置于IVC架最底下一排最靠近房间出风口位置的笼位上。哨兵鼠笼位必须固定。

根据国标GB 14922.2-2011 动物 微生物学等级及监测》和GB14922.1-2001 《实验动物 寄生虫学等级及监测》的要求，兽医对SPF级实验小鼠检查的项目包括病原菌（沙门菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体、嗜肺巴斯德杆菌、肺炎克雷伯杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、牛棒状杆菌（裸鼠））、病毒（鼠痘病毒、小鼠肝炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、小鼠细小病毒、诺如病毒）、寄生虫（体外寄生虫<节肢动物>、弓形虫、全部蠕虫、鞭毛虫、纤毛虫）等19种病原微生物。其中，荧光RT-PCR主要检测19项病原微生物中的病毒、细菌及弓形虫项目，每季度实施一次；ELISA主要检测19项病原微生物中的病毒项目，每4个季度实施一次；哨兵鼠寄生虫的检测选用光学显微镜，每2个季度检测一次。