张海仓 人工智能蛋白质设计课题组

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邮箱：zhanghaicang@sjtu.edu.cn 

实验室网站：aiproteindesign.org

研究方向

（1）AI驱动的蛋白质设计：可编程蛋白质设计，如pH, 温度，离子，小分子，光等条件控制的蛋白质设计；蛋白质创新药物研发，如抗体/纳米抗体药物、多肽药物、和小蛋白药物等；蛋白质计算机，探索生物计算新范式。

（2）AI驱动的计算免疫学：免疫学基座大模型开发；T细胞受体识别抗原的预测模型和生成模型开发，及其个性化免疫治疗应用；抗体-抗原识别机制研究及应用。

（3）AI算法理论：开发下一代生成式AI模型、强化学习模型、深度几何学习模型等。

个人简历

   张海仓，博士，现任上海交通大学基础医学院药学AI系研究员，博士生导师，人工智能蛋白质设计课题组长。博士毕业于中国科学院计算技术研究所计算机专业，曾先后在字节跳动担任人工智能算法工程师、美国哥伦比亚大学担任博士后科学家、中国科学院计算技术研究所担任副研究员。

   研究方向聚焦人工智能算法及“AI + 生命科学”交叉领域，尤其在 AI 蛋白质设计 与 AI 药物设计方面有长期积累。课题组已经开发了 CarbonDesign、CarbonNovo 等蛋白质从头设计算法，gMVP、MVP 等蛋白质定向进化设计算法，以及 AbX、AbNovo、DiffAffinity 等抗体设计专用算法。学术成果以第一作者或通讯作者身份发表在Nature Machine Intelligence (2022、2024两篇)和Nature Communications (2021)等国际期刊，以及 NeuIPS、ICML、ICLR等人工智能顶会上。

  科研项目

1. 上海市教委人工智能跃升计划，BJ1300024，2025年1月，50万，项目负责人

2. 国家自然科学基金委员会面上项目，32370657，2024年1月，50万元，项目负责人

3. 中科院青年创新促进会人才项目，E345120，2023年1月，80万，项目负责人

4. 国家其他任务（纵向）, E20681,2022年12月，360万，项目负责人

  代表论文

1. H. Zhang, M. Xu, X. Fan, W. Chung, Y. Shen*. Predicting functional effect of missense variants using graph attention neural networks. Nature Machine Intelligence. 2022.

2. M. Ren, C. Yu, D. Bu*, H. Zhang*. Accurate and robust protein sequence design with CarbonDesign. Nature Machine Intelligence. 2024.

3. H. Qi#, H. Zhang#, Y. Zhao#, C. Chen#, J. Long, W. Chung, Y. Guan, Yufeng Shen*. MVP predicts the pathogenicity of missense variants by deep learning. Nature Communications. 2021.

4. M. Ren, Z. He, and H. Zhang*. Multi-objective antibody design with constrained preference optimization. ICLR 2025.

5. T. Zhu, M. Ren, H. Zhang*. Antibody Design Using a Score-based Diffusion Model Guided by Evolutionary, Physical and Geometric Constraints. ICML 2024.

6. M. Ren, T. Zhu, H. Zhang*. CarbonNovo: Joint Design of Protein Structure and Sequence Using a Unified Energy-based Model. ICML 2024.

7. S. Liu#, T. Zhu#, M. Ren, C. Yu, D. Bu, H. Zhang*. Predicting mutational effects on protein-protein binding via a side-chain diffusion probabilistic model. NeuIPS 2023.

荣誉与奖励

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