基本信息：
姓名：李慧鹏
职称：研究员，博士生导师
邮箱：huipeng.li@@sjtu.edu.cn
个人简介：
2004-2008年复旦物理系本科，2014年获得新加坡国立大学计算与系统生物学博士学位。2014年-2020年先后在新加坡基因组研究所Shyam Prabhakar课题组和哈佛大学医学院Guo-Cheng Yuan课题组做博士后研究员。2020年10月入职上海交通大学医学院，担任单细胞组学与疾病研究中心生物信息学平台负责人。2022年9月入职上海交通大学医学院附属第九人民医院耳科学研究所。
主要研究方向：
单细胞组学技术的计算方法开发和肿瘤等疾病中的应用。开发了Reference Component Analysis （RCA）聚类算法，克服了肿瘤单细胞数据批次效应对细胞分类的影响，并建立了首个人体结直肠肿瘤与周边组织的单细胞转录组图谱。合作开发单细胞多组学技术CORTAD-seq，建立多组学分析方法，解析肺癌细胞抗药性的分子机制。参与空间组学分析工具箱Giotto的开发，优化细胞聚类和相互作用分析算法，开发三维组学数据可视化模块。
目前课题组主要关注多组学技术与计算生物学方法在年龄相关感音神经性听力损失中的应用。
代表性论文：
1. R Dries*, Q Zhu*, R Dong, CH Eng, H Li, K Liu, Y Fu, T Zhao, A Sarkar, F Bao, R George, N Pierson, L Cai, G-C Yuan. Giotto, a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data. Genome Biology. 2021. IF: 17.91
2. SL Kong*, H Li*, JA Tai, ET Courtois, HM Poh, DP Lau, YX Haw, NG Iyer, D Tan, S Prabhakar, D Ruff, Axel M Hillmer. Concurrent Single-Cell RNA and Targeted DNA Sequencing on an Automated Platform for Comeasurement of Genomic and Transcriptomic Signatures. Clinical Chemistry. 2019. IF: 8.327
3. H Li*, ET Courtois*, D Sengupta, Y Tan, KH Chen, JL Goh, SL Kong, C Chua, KH Lim, WS Tan, M Wong, I Cima, MH Tan, L Wee, AM Hillmer, IB Tan, P Robson, S Prabhakar. Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors. Nature Genetics. 2017. IF: 41.38
4. H Li, L Venkatraman, BC Narmada, JK White, H Yu, L Tucker-Kellogg. Computational analysis reveals the coupling between bistability and the sign of a feedback loop in a TGF-β1 activation model. BMC systems biology. 2017. IF: 2.048
