科学研究
蛋白质修饰与RNA修饰研究组
  作者:  2020-12-18

研究组长介绍

余健秀, 男,博士,现任上海交通大学医学院PI、特聘教授、博士生导师、生物化学与分子细胞学系系副主任。1990获华南农业大学学士学位,1996年、2000年分别获中山大学动物学与分子生物学硕士、博士学位。2000-2002年任中山大学副教授。2002~2007年在美国Sanford-Burnham Medical Research Institute /UCSD(美国加州大学)从事博士后研究;2007~2008年任Sanford-Burnham Medical Research Institute /UCSD,研究员(Staff Scientist);2008~2009年任美国纽约大学NYU Langone Medical Center研究助理教授。课题组长一直致力于探讨蛋白质修饰在肿瘤发生发展的作用及其分子机制,首次鉴定了 PTEN的SUMO化修饰,发现其直接介导 PTEN膜结合而抑制肿瘤发生发展,解析了 PTEN-PI3K-AKT通路的分子机制;蛋白质修饰调控非编码RNA生成和代谢的作用机制,其系列研究揭示了由蛋白质修饰介导的非编码 RNA调控网络和作用方式。如首次发现 miRNA/siRNA作用效率受控于TARBP2的SUMO化修饰程度,Ago2的乙酰化修饰可以调控miRNA前体在miRISC复合物上的招募而改变miRNA表达谱等。已在国际学术期刊Nat Chem Biol, Nat Cell Biol, Mol Cell, Nat Commun, EMBO J, Nucleic Acids Res等发表高水平研究论文60多篇,有多篇文章被Faculty 1000 亮点推荐,目前H-index指数33。主持国家自然科学基金重点项目以及国家科技部重点研发项目等十多项,也是国家自然科学基金创新研究群体项目核心成员。担任国际著名杂志Nature、Nature Commun、Cancer Res、Oncogene、JBC等审稿人。担任中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会非编码与肿瘤研究”专家委员会副组长。


研究方向与进展

1.蛋白质修饰调控肿瘤发生发展。探讨重要肿瘤抑制蛋白(如PTEN)的蛋白质修饰在肿瘤发生发展的作用及其分子机制。我们首次鉴定了 PTEN的SUMO化修饰,发现其直接介导 PTEN膜结合而抑制肿瘤发生发展,解析了 PTEN-PI3K-AKT通路的分子机制(Nat Commun 2012)

2.蛋白质修饰调控miRNA的生物合成与作用效率蛋白质修饰调控非编码RNA生成和代谢的作用机制,系列研究揭示了由蛋白质修饰介导的非编码 RNA调控网络和作用机制。例如,首次发现 miRNA/siRNA作用效率受控于TARBP2的SUMO化修饰程度(Nat Commun 2015; Nucleic Acids Res, 2015); Ago2的乙酰化修饰可以调控miRNA前体在miRISC复合物上的招募而改变特异miRNA的表达等(Oncogene, 2019)。

3.RNA降解机制。

4.蛋白质修饰调控RNA修饰及其功能。我们阐明了METTL3 的SUMO修饰是其m6A 修饰催化功能上的分子调控机制,也是首次发现m6A 修饰催化相关复合物的第一个蛋白质修饰(Nucleic Acids Res, 2018)。



科研项目

1. 国家重点研发计划政府间国际科技创新合作项目,恶性肿瘤发生发展中关键表观遗传与转录调控因子的蛋白质修饰及其功能,2019YFE0110600,2020.12-2023.11,主持人:余健秀

2. 国家自然科学基金重点项目,PTEN在DNA损伤修复中介导组蛋白H2A/H3修饰调控前列腺癌发生发展,81630075,2017.1-2021.12,主持人:余健秀

3. 国家自然科学基金面上项目,Ago2乙酰化在miRNA途径中的功能与机制,31671345,2017.1-2020.12,主持人:余健秀

4. 国家自然科学基金面上项目,受体型蛋白质酪氨酸磷酸酶RPTPα的N-糖基化鉴定及相关功能研究,82073043,2021.1-2024.12,主持人:黄建

5. 国家自然科学基金面上项目,蛋白质酪氨酸磷酸酶RPTPα对新底物Ago2蛋白的去磷酸化调控研究,81672709,2017.1-2020.12,主持人:黄 建

6. 国家自然科学基金面上项目,TBK1介导的Ago2蛋白磷酸化调控非小细胞肺癌发生发展的作用与机制,81972585,2020.1-2023.12,主持人:赵娴

7. 国家自然科学基金青年项目,Twist1蛋白SUMO修饰调控非小细胞肺癌耐药和转移的作用及机制,81702837,2018.1-2020.12,主持人:赵娴

8. 癌基因及相关基因国家重点实验室,AGO2蛋白的磷酸化修饰调控肿瘤发生发展的作用机制,KF-20-07,2020.1-2020.12,主持人:赵娴

9. 国家自然科学基金青年项目,lncRNA-UCA1在前列腺癌发生发展中的作用及其机制,81602251,2017.1-2019.12,主持人:王艳丽

10. 上海市教委实验技术队伍建设计划 ,AGO2-miRISC相分离检测新技术的建立,SYjdyx19003,2019.1-2020.12,主持人:王艳丽

11. 国家自然科学基金青年项目,前列腺癌中新型泛素水解酶调控PTEN蛋白稳定性的研究,81702532,2018.1-2020.12,主持人:邓蓉

12. 国家自然科学基金青年项目,Lin28A的类泛素化修饰调控肿瘤发生发展的功能机制研究,81902866,2020.1-2022.12,主持人:张海龙

13. 第64批中国博士后科学基金面上资助二等奖,LIN28A 的 SUMO 化修饰调控 let-7 生成的分子机制与功能,2018M642038,2018.11-2020.6,主持人:张海龙

14. 国家自然科学基金青年项目,PTEN调控Ago2/miRNA途径影响前列腺癌发生发展的分子机制,82002712,2021.1-2023.12,主持人:强喆

15. 第66批中国博士后科学基金面上资助二等奖,PTEN调控Ago2功能的分子机制研究,2019M66542,2019.7-2021.6,主持人:强喆


代表性论文 (*corresponding author)

1. Deng R, Guo Y, Li L, He J, Qiang Z, Zhang H, Chen R, Wang Y, Zhao X*, Yu J*. BAP1 suppresses prostate cancer progression by deubiquitinating and stabilizing PTEN. Mol Oncol., 2020 Nov 5. https://doi.org/10.1002/1878-0261.12844.

2. Zhao X, Wang Y, He J, Deng R, Huang X, Guo Y, Li L, Xie R*, Yu J*. LncRNA UCA1 maintains the low-tumorigenic and nonmetastatic status by stabilizing E-cadherin in primary prostate cancer cells. Mol Carcinog. 2020 Oct;59(10):1174-1187.

3. Dou J, Zhang H, Chen R, Shu Z, Yuan H, Zhao X, Wang Y, Huang J, Zhou A*, Yu J*.SUMOylation modulates the LIN28A-let-7 signaling pathway in response to cellular stresses in cancer cells.Mol Oncol. 2020 Sep;14(9):2288-2312.

4. Lin R, Zhan M, Yang L, Wang H, Shen H, Huang S, Huang X, Xu S, Zhang Z, Li W, Liu Q, Shi Y, Chen W, Yu J*, Wang J*. Deoxycholic acid modulates the progression of gallbladder cancer through N6-methyladenosine-dependent microRNA maturation. Oncogene. 2020 Jun; 39(26):4983-5000.

5. Liu T, Zhang H, Fang J, Yang Z, Chen R, Wang Y, Zhao X, Ge S, Yu J*, Huang J*. AGO2 phosphorylation by c-Src kinase promotes tumorigenesis. Neoplasia. 2020 Mar;22(3):129-141.

6. Cui N, Liu T, Guo Y, Dou J, Yang Q, Zhang H, Chen R, Wang Y, Zhao X, Yu J*, Huang J*. SUMOylation of Csk Negatively Modulates its Tumor Suppressor Function. Neoplasia. 2019 May 21; 21(7):676-688.

7. Zhang H, Wang Y, Dou J, Guo Y, He J, Li L, Liu X, Chen R, Deng R, Huang J, Xie R, Zhao X*, Yu J*. Acetylation of AGO2 promotes cancer progression by increasing oncogenic miR-19b biogenesis. Oncogene. 2019 Feb; 38(9):1410-1431.

8. Du Y, Hou G, Zhang H, Dou J, He J, Guo Y, Li L, Chen R, Wang Y, Deng R, Huang J, Jiang B, Xu M, Cheng J, Chen GQ, Zhao X*, Yu J*.SUMOylation of the m6A-RNA methyltransferase METTL3 modulates its function. Nucleic Acids Res. 2018, 46(10) 5195-5208.

9. Yuan H, Deng R, Zhao X, Chen R, Hou G, Zhang H, Wang Y, Xu M, Jiang B*, Yu J*. SUMO1 modification of KHSRP regulates tumorigenesis by preventing the TL-G-Rich miRNA biogenesis. Mol Cancer. 2017 Oct 11; 16(1):157.

10. Wang J, Deng R, Cui N, Zhang H, Liu T, Dou J, Zhao X, Chen R, Wang Y, Yu J*, Huang J*. Src SUMOylation Inhibits Tumor Growth Via Decreasing FAK Y925 Phosphorylation. Neoplasia. 2017 Oct 22; 19(12):961-971.

11. Jiang H, Deng R, Yang X, Shang J, Lu S, Zhao Y, Song K, Liu X, Zhang Q, Chen Y, Chinn YE, Wu G, Li J, Chen G, Yu J*, Zhang J*.Peptidomimetic inhibitors of APC-Asef interaction block colorectal cancer migration. Nature Chem Biol. 2017, 13(9):994-1001.

12. Zhao X, Deng R, Wang Y, Zhang H, Dou J, Li L, Du Y, Chen R, Cheng J, Yu J*. Twist1/Dnmt3a and miR186 establish a regulatory circuit that controls inflammation-associated prostate cancer progression. Oncogenesis. 2017, 6(4): e315.

13. Zhu C, Chen C, Chen R, Deng R, Zhao X, Zhang H, Duo J, Chen Q, Jin H, Wang Y, Huang J, Xu M*, Yu J*. K259-SUMOylation of DGCR8 promoted by p14ARF exerts a tumor-suppressive function. J Mol Cell Biol. 2016 Oct 07, 8(5):456-458.

14. Chen C, Zhu C, Huang J, Zhao X, Deng R, Zhang H, Dou J, Chen Q, Xu M, Yuan H, Wang Y, Yu J*.SUMOylation of TARBP2 regulates miRNA/siRNA efficiency. Nature Communications. 2015, 6:8899.

15. Lu S, Deng R, Jiang H, Song H, Li S, Shen Q, Huang W, Nussinov R, Yu J*, Zhang J*.The Mechanism of ATP-Dependent Allosteric Protection of Akt Kinase Phosphorylation. Structure. 2015, 23(9):1725-34.

16. Zhu C, Chen C, Huang J, Zhang H, Zhao X, Deng R, Dou J, Jin H, Chen R, Xu M, Chen Q, Wang Y, Yu J*.SUMOylation at K707 of DGCR8 controls direct function of primary microRNA. Nucleic Acids Res. 2015, 43(16):7945-60.

17. Chen Q, Zhao X, Zhang H, Yuan H, Zhu M, Sun Q, Lai X, Wang Y, Huang J, Yan J, Yu J*. MiR-130b suppresses prostate cancer metastasis through down-regulation of MMP2. Mol Carcinogen. 2015, 54(11):1292-300.

18. Lai  X, Chen Q, Zhu C, Deng R, Zhao X, Chen C, Wang Y, Yu J*, Huang J*. Regulation of RPTPα-c-Src signalling pathway by miR-218. FEBS J. 2015, 282(14):2722-34.

19. Sun Q, Zhao X, Liu X, Wang Y, Huang J, Jiang B, Chen Q*, Yu J*.miR-146a functions as a tumor suppressor in prostate cancer by targeting Rac1.Prostate. 2014, 74(16):1613-21.

20. Zhu M, Chen Q, Liu X, Sun Q, Zhao X, Deng R, Wang Y, Huang J, Xu M, Yan J, Yu J*. lncRNA H19/miR-675 axis represses prostate cancer metastasis by targeting TGFBI. FEBS J. 2014, 281:3766-3775.

21. Qu Y, Chen Q, Lai X, Zhu C, Chen C, Zhao X, Deng R, Xu M, Yuan H, Wang Y, Yu J*, Huang J*. SUMOylation of Grb2 enhances the ERK activity by increasing its binding with Sos1.Mol Cancer, 2014, 13(1):95.

22. Liu X, Chen Q, Yan J, Wang Y, Zhu C, Chen C, Zhao X, Xu M, Sun Q, Deng R, Zhang H, Qu Y, Huang J, Jiang B, Yu J*. MiRNA-296-3p-ICAM-1 axis promotes metastasis of prostate cancer by possible enhancing survival of natural killer cell-resistant circulating tumour cells. Cell Death Dis. 2013, 4:e928.

23. Yu J*, Deng R, Zhu HH, Zhang SS, Zhu C, Montminy M, Davis R, Feng GS*. Modulation of fatty acid synthase degradation by concerted action of p38 MAP kinase, E3 ligase COP1 and SH2-tyrosine phosphatase Shp2. J Biol Chem. 2013, 288(6):3823-30.

24. Huang J, Yan J, Zhang J, Zhu S, Wang Y, Shi T, Zhu C, Chen C, Liu X, Cheng J, Mustelin T, Feng GS, Chen G, Yu J*. SUMO1 modification of PTEN regulates tumorigenesis by controlling its association with the plasma membrane. Nature Communications. 2012, 3:911.

25. Liu X, Wang Y, Sun Q, Yan J, Huang J, Zhu S, Yu J*.Identification of microRNA transcriptome involved in human natural killer cell activation. Immunol Lett. 2012, 143(2):208-17.

26. Yu J*, Zhang SS, Saito K, Williams S, Arimura Y, Ma Y, Ke Y, Baron V, Mercola D, Feng GS, Adamson E*, Mustelin T. PTEN regulation by Akt-EGR1-ARF-PTEN axis. EMBO J. 2009, 28(1):21-33.

27. Yu J, Baron V, Mercola D, Mustelin T, Adamson ED*. A network of p73, p53 and Egr1 is required for efficient apoptosis in tumor cells. Cell Death and Differentiation. 2007, 14(3):436-46.

28. Yu J, de Belle I, Liang H, Adamson ED*. Coactivating factors p300 and CBP are transcriptionally crossregulated by Egr1 in prostate cells, leading to divergent responses. Molecular Cell, 2004, 15(1): 83-94.



团队介绍

目前研究组共有17人,包括:

余健秀,PI,研究员/基础医学院特聘教授,邮箱:jianxiu.yu@shsmu.edu.cn

黄建,教授,《代谢生物化学》首席教师,邮箱:jyhuanj@shsmu.edu.cn

赵娴,副研究员, 邮箱:zhao20051050134@126.com

王艳丽,高级实验师, 邮箱:wangyl@shsmu.edu.cn

陈冉,实验师,邮箱:chenran@shsmu.edu.cn

张海龙,博士后, 邮箱:zhanghailonghello@163.com

强喆,博士后, 邮箱:hilmer@shsmu.edu.cn

何建锋,博士后, 邮箱:910002@sjtu.edu.cn

郭岩珉,博士后, 邮箱:gmy631@163.com

李 莲, 硕博生, 邮箱:leelian@sjtu.edu.cn

杨倩倩,硕博生, 邮箱:qqyang1006@126.com

刘笑嘉,直博生, 邮箱:liuxiaojia95@163.com

黄彩湖,直博生, 邮箱:hchu526@163.com

陆润晖,硕博生, 邮箱:1078182671@qq.com

曹滢婷,直博生, 邮箱:15951621186@163.com

方嘉钰,硕士生, 邮箱:13384928252@163.com    

黄家怡,硕士生, 邮箱:clytzepier@163.com