口腔颌面部癌（口腔癌）是影响人们生命健康和生活质量最严重的癌症之一。精准医学的兴起和开展，采用多组学技术，系统多层面描绘口腔癌发生发展过程中遗传学和表观遗传学变化及整体调控网络，有助于阐明口腔癌发生关键节点和调控因素，也将为临床实施分子分型指导的预防和诊疗方案提供理论和实验依据。针对上述科学问题，由我 院陈万涛教授作为首席科学家的国家重点研发计划“口腔癌分子分型和精准预防诊治标志物的研究(2016YFC0902700)”于2016年正式立项实施。该项目主要针对：①口腔癌演进过程关键阶段的基因组、蛋白组及代谢组等多组学特征谱和新分类体系；②驱动口腔癌演进和防诊治相关的多层面交互调控网络和关键分子事件；③口腔上皮癌变分子预测、精准分子分型和防治的最佳分子靶点等3个关键科学问题，设置了3个研究课题；3个课题分别是：课题1，口腔癌演进过程中多组学关键特征分子谱研究（2016YFC0902701，负责人：上海交通大学系统生物医学研究院的韩泽广教授）；课题2，口腔癌发生发展过程多相调控网络和分子分类体系构建（2016YFC0902702，负责人：浙江大学转化医学研究院的刘鹏渊教授）；课题3，口腔癌防治靶点和分子标志物的筛选与验证（2016YFC0902703，负责人：陈万涛）。上海交通大学、复旦大学、浙江大学、南京大学、四川大学和中山大学等6家大学的18家医院和院所的25名项目骨干及其团队成员以及依托单位，参加了本项目的申报和实施全过程。

本项目主要依托上海交通大学、上海交通大学医学院附属第九人民医院、国家口腔疾病临床医学研究中心和国家口腔医学中心，在前任口腔学科带头人邱蔚六院士和现任学科带头人张志愿院士全力支持和指导下，按照项目的预期计划，结合项目组全体人员的科研智慧和奋发努力，全部完成了项目既定研究任务和考核指标，并取得了多项有知识产权的原创性成果。获得主要研究结果有：完成了口腔鳞癌发生过程中具有不同特点的组织标本（1051个）多组学数据获取和分析；在4个组学层面完成了口腔鳞癌相关的分子谱型的获取，初步绘制出口腔鳞癌发生过程的特征分子谱型；在多组学数据获取和分析的基础上，进一步对口腔鳞癌发生过程中多组学数据进行挖掘和深度分析，完成了口腔鳞癌分子分型谱型、主要调控网络、关键信号通路和调控节点的构建和验证。利用大样本完成了对口腔鳞癌患者血清芯片检测和分析，发现并证实血清中2个miRNAs能对口腔鳞癌进行有效的预后判断。筛选验证口腔鳞癌相关候选标志分子5个，并完成功能验证。新设计开发了鉴别口腔鳞癌驱动基因的机器学习方法以及相应的生物信息学统计软件共6个，为本项目大样本多组学海量数据的分析提供了帮助，为其他肿瘤组学研究分析提供了方法和研究范例。成功建立了有自主知识产权的“口腔颌面部肿瘤临床和分子分类智能数据库”。针对口腔鳞癌等上皮源性肿瘤，对前期发现的2个治疗靶点进行靶向药物设计和成药性研究。定型了精准医疗框架下的口腔鳞癌分子诊断、口腔鳞癌淋巴结转移诊断、肿瘤化疗效果预测技术和试剂盒共3个，其中“口腔癌分子诊断和转移预测试剂盒”发明专利和创新技术已与上海纳奥生物科技有限公司签订专利技术许可暨合作研发协议，资金总投入3200万元；该试剂盒现已进入临床试验申请阶段。确定的EZH2癌蛋白能有效预测口腔黏膜癌变，该标志物已在进行多中心临床验证。本项目取得成果已授权国内、外发明专利5项、申请国内发明专利11项，软件著作权3项；撰写并在省级专业学会颁布口腔癌条件性重编程细胞（CRC）培养标准操作指南1项；发表标注论文41篇；培养省市人才和创新团队各1个。牵头成立“全国卫生产业企业管理协会精准医疗分会”产学研医用一体化肿瘤精准医疗的全国协作平台。以上述研究成果为基础，项目组课题3陈万涛团队获得2019年度上海市科技进步奖一等奖“口腔颌面部肿瘤组织样本和生物信息库的建立和应用”和2019年度高等学校科学研究优秀成果奖自然科学奖二等奖“非编码RNA调控口腔鳞癌恶性进展的机制及其应用价值”。

作为国家重点研发计划的首批验收和绩效评估项目，取得了十分理想的成绩，项目的综合绩效评价得分93.4分。项目研究任务的顺利完成，尤其取得的原创性成果及成果转化和后期应用，无疑能产生良好的社会效益和经济效益，这对我国口腔癌精准医疗技术发展产生大的推动作用和示范作用。

国家重点研发计划项目秘书组：徐骎撰稿