上海交通大学医学院病理学系目前以基础医学院病理学系和瑞金医院病理科为核心，逐步将交大医学院病理学系和13家附属医院病理科融为一体。病理学系核心单位现有高级职称18名，中级职称23名，初级职称19名。现任系主任王朝夫教授，下设多名分管副主任。系部荣获2019-2020年度上海交通大学医学院文明班组。

教育教学：系部为本科生开设病理学和法医学，年授课约1300学时，并承担PBL、RBL、CBL和大学生科研轮训等相关教学活动。科学研究：系部有较强的科研实力及科研基础，现有博士生导师2名，硕士生导师6名，2022年获得多项国家级、市级和院级科研项目，包括王旭研究员课题组的国家优青（海外）项目1项和国自然青年项目1项。2022年以第一或通讯作者发表SCI及核心期刊论著26余篇，合计影响因子达220余分。临床病理：2022年组织病理量逾12万例，术中冷冻会诊逾1.2万例，细胞病理量逾10万例，免疫组化量逾2万例，分子病理检测逾1万例，全国各地的疑难病例会诊3834例。目前正与华为、商汤科技合作，开展智能病理和智慧病理研究。2022年接收全国各地进修生58名。住院医师年度业务水平测试连续四年在全国名列前茅、上海市第一。病理尸检：系部是上海市卫健委指定医疗事故争议尸解鉴定机构之一，承担医疗纠纷尸检工作，年均约20例。病理尸检分析对医疗纠纷处理给予有力的支持和帮助，并为教学提供大量素材，同时将VR技术引入病理尸检实验教学中，丰富教学内容，提高教学创新能力。