Genome Biology|公共卫生学院胡小林与合作团队发现RNA结合蛋白结合RNA时具有广泛、特异的偏好性
2022-08-23 浏览( 来源:公共卫生学院 
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近日,上海交通大学医学院公共卫生学院胡小林与清华大学生命学院杨雪瑞课题组合作,在基因生物学领域顶级期刊Genome Biology杂志发表了题为Survey of the binding preferences of RNA‑binding proteins to RNA editing events的研究文章。该研究通过一系列的公共数据挖掘与实验验证,发现RNA结合蛋白结合RNA时对RNA编辑具有广泛、特异的偏好性。

RNA编辑是发生在转录本层面的碱基替换现象,影响RNA的可变剪接、甲基化修饰、降解等一系列生物学过程,影响肿瘤、神经相关疾病的发生发展,在内源免疫中具有重要作用。本研究利用ENCODE项目公布的150个RNA结合蛋白特异结合RNA的eCLIP-seq数据与相应细胞组分的转录组测序数据,系统的分析并发现RNA结合蛋白结合RNA时具有广泛的偏好性。随后使用课题组开发的算法-RBPed逐个蛋白、逐个位点的分析了这种偏好性的强弱及显著性,进一步揭示了这种偏好的特异性。通过对偏好性位点的整理,提出了基于RNA编辑的共结合网络,发现其中特有的蛋白互作关系,暗示了不同蛋白对于同一个位点RNA编辑的偏好性可能存在功能上的相互影响。借助公共数据发现这种偏好性的产生可能与RNA编辑对RNA二级结构的改变况有关。最后本研究以可变剪接为例,通过公共数据分析与生物学实验结合的模式,证实了UPF1蛋白对RNA编辑的偏好性影响了该蛋白对部分转录本可变剪接的调控。

该研究利用公共数据系统的分析并验证了RNA结合蛋白对RNA编辑的偏好性及可能的生物学影响,为探寻复杂的转录后调控提供了数据支持。

本研究得到了国家自然科学基金等项目资助,公共卫生学院胡小林为论文的第一作者,公共卫生学院为第一单位。本研究得到了公共卫生学院王慧教授、李晓光研究员的鼎力支持;同时也得到了复旦大学附属妇产科医院魏春燕博士、哈佛大学医学院秦谦博士、卡罗林斯卡研究所成尚利博士的大力支持和帮助。

 

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