根据协议，松江区财政分两年投入合作基金1,000万元，设立三类建设项目，包括“医学攀登项目”、“医学培育项目”以及“学科合作项目”。“医学攀登项目”由附属第一人民医院全面负责，所发论文、成果和专利等需标注“上海市松江区卫生局资助项目”，每年拟设立课题10项，平均资助强度约20万元，结题时应发表影响因子大于2分的SCI论文1篇以上。“医学培育项目”课题负责人由松江医疗机构中列入单位重点培养的中青年医务人员担任，课题合作者由一院科研骨干担任，每年拟设立课题10项，平均资助强度约20万元，结题时应发表影响因子大于1.5分的SCI论文1篇以上。“学科合作项目”则是为推进松江区域疾病预防以及临床学科的发展，围绕建设若干种疾病的预防、诊断、治疗与康复链，并发挥前后端学科的优势，建立疾病预防的社区现场流调基地和组织网络、搭建疾病诊治的平台架构、制定诊疗流程与规范等。三类建设项目通过由双方人员组成的项目管理委员会、学术委员会进行决策，同时在各自科教部门设立项目工作小组，具体负责项目实施。

本次合作将按照双方“十二五”发展规划目标，围绕“科教兴医”战略，以科研项目合作为纽带，充分利用附属一院南部实验中心设施与设备，通过设立科研合作基金形式，建立合作平台，促进松江区域内医疗卫生机构的学科建设和专业梯队培养，推进松江区医疗卫生事业发展。