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巴黎西岱大学是欧洲最古老的大学之一，其前身是索邦神学院，1261年使用“巴黎大学”一词，但其历史更早可追溯至1150-1160年。1968年巴黎大学发生学潮，法国政府对巴黎大学进行了一连串的改组和调整，分为13所独立大学，即巴黎第一至第十三大学。1971年1月1日，新生的13所巴黎大学同时宣告成立。2019年3月20日，巴黎第五大学、巴黎第七大学以及巴黎地球物理学院重组，沿用巴黎大学（Université de Paris）作为其新名称。巴黎大学2021年U.S. News世界大学排名位于法国第二。2021年更名为巴黎西岱大学（Université Paris Cité）

巴黎西岱大学合并之前，医学院与巴黎第五大学、巴黎第七大学的合作与交流较为密切，尤其巴黎第五大学，该校实力雄厚，以医学，生物医学，药学及科研水平闻名欧洲，其医学院也是法国最大的医学院。交大医学院与巴黎第五大学在学生交流、科研硕士联合培养等方面有着长期友好的合作关系，今后也将继续拓展与巴黎大学的合作领域，深化中法医学教育的合作内涵。