60年代初，国家卫生部批准原上海第二医学院以广慈医院（现瑞金医院）为临床教学基地开设医学法语班，学制为本科。办学期间，鉴于当时的国际合作背景，招生工作一度停止，直到1980年重新恢复“医学法语”专业招生，并规定每两年招收一届医学法语班。当时，每届仅有少数学生被选送去法国学习。早期赴法留学的医学生，如海绵一般吸收法国先进的医疗技术，将世界上最先进的医学技术和理念带入中国。

1997年，随着中法两国合作的加强，医学院临床医学法语班项目正式纳入中法两国政府文化教育合作框架。为协调双方的合作，法方指派两位法国资深医学教授作为国家级法语班项目协调员，负责与中方的联络工作。由此，医学院的临床医学法语班项目正式列入政府级合作项目。

1998年起，医学院开始每年招收七年制本硕连读法语班学生。

2005年，原上海第二医科大学与上海交通大学合并后，临床医学法语班学制由七年制改为本博连读八年制，人才培养水平提升到了一个新的高度。

为进一步提升上海交通大学临床医学的国际化办学水平,加大引进国外优质教学资源的力度,我校与法国多所一流高校共同开展“八年制临床医学法语班本博连读项目” 并于2013年9月正式被教育部立项，成为国内首个医学博士中外合作项目。该项目对借鉴国外先进的教学模式和教学理念及提高我校临床医学博士学位的复合型高层次医学人才的培养具有非常积极的意义。目前，临床医学法语班项目录取的专业名称为临床医学八年制（法语班），教育部批准每年招生计划为30人，学校发布每年招生计划为30人，学制为8年，由中方颁发博士研究生毕业证书及博士学位证书。该专业录取批次为一本批次，采取单独编班上课方式。