个人简介
本科/硕士毕业于中国海洋大学（2009–2015），博士毕业于军事医学研究院微生物流行病研究所（2016–2019）。2019–2021年在深圳市疾控中心从事博士后研究，2021–2026年在中国科学院上海药物所（原巴斯德所/免疫感染所）任副研究员、研究员。2026年3月加入上海交通大学公共卫生学院，任学科带头人、课题组长。
从事病原菌进化与分子流行病学研究，相关成果以（共同）第一作者或通讯作者发表于Nature Microbiology（2篇）、Nature Ecology & Evolution、Clinical Microbiology and Infection（ESI高被引）等国际期刊。主持国家自然科学基金面上、青年C类等项目，参与多项国家重点研发计划课题。入选上海市“启明星”、中科院青年创新促进会和“启航人才”等人才计划。
研究方向
课题组应用新一代测序和多组学技术，开发生物信息学分析方法和数据库，解析食源性病原菌及临床耐药菌的基因组进化、暴发流行规律与致病/耐药机制，解决病原发现、溯源和监测等流行病学与公共卫生问题。
主要研究方向包括：
（1）弧菌等食源性病原菌“农场—餐桌”传播与进化机制；
（2）临床病原菌基因组流行病学；
（3）基于人工智能等方法的细菌基因组大数据挖掘与进化规律解析。
研究成果
代表性论文（#:（共同）第一作者; *:（共同）通讯作者）
1) Yang C#/*, Qiu H#, Svensson S#, Ni C#, …, Martinez-Urtaza J*, Wang H*, Falush D*. Wave succession in the pandemic clone of Vibrio parahaemolyticus driven by gene loss. Nature Ecology & Evolution, 2025. doi:10.1038/s41559-025-02827-z（1区，IF=14.5）
2) Yang C#, Li Y#, …, Yang R*, Cui Y*, Hu Q*. Outbreak dynamics of foodborne pathogen Vibrio parahaemolyticus over a seventeen year period implies hidden reservoirs. Nature Microbiology, 2022, 7(8): 1221-1229.（1区，IF=19.4）
3) You Y#/*, Yu D#, Yang C#, Peng X#, Xie O#, Chang H#, Hua C#, …, Davies M*, Walker M*, Wang Q*, Zhang J*, Yang Y*. Emergence of distinct Streptococcus pyogenes emm1 and emm12 lineages in China. Nature Microbiology, 2026, in press.（1区，IF=19.4）
4) Fu P#, Yan G#, …, Lu G*, Yang C*, Wang C*. Pertussis upsurge, age shift and vaccine escape post-COVID-19 caused by ptxP3 macrolide-resistant Bordetella pertussis MT28 clone in China. Clinical Microbiology and Infection, 2024, 30(11): 1439-1446.（1区，IF=8.5，ESI高被引）
5) Zhang H#, Kang Z#, Zhang Y#, Yang Y#, …, Wang C*, Ruan Z*, Fu P*, Yang C*. Evolutionary dynamics and global spread of macrolide-resistant Bordetella pertussis during the post-pandemic pertussis resurgence. Journal of Infection, 2026, 92(4): 106718.（1区，IF=11.9）
6) Long D#, Li M#/*, …, Yang C*, Zhu Y*. Epidemiological and genetic charateristics of Vibrio vulnificus from diverse sources in China during 2012-2023. Communications Biology, 2025, 8(1): 9.（1区）
7) Zhao B, …, Yang C*, Falush D*. Genealogical inference and more flexible sequence clustering using iterative-PopPUNK. Genome Research, 2023, 33(6): 988-998.（1区）
8) Cui Y#/*, Yang C#, Qiu H#, …, Falush D*. The landscape of coadaptation in Vibrio parahaemolyticus. eLife, 2020, 9: e54136（1区）
9) Wang H#, Yang C#/*, Sun Z#, …, Pan J*, Cui Y*. Genomic epidemiology of Vibrio cholerae reveals the regional and global spread of two epidemic non-toxigenic lineages. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2020, 14(2): e0008046（1区）
10) Yang C#, Pei X#, …, Yang R*, Falush D*, Cui Y*. Recent mixing of Vibrio parahaemolyticus populations. The ISME Journal, 2019, 13(10): 2578-2588.（1区，IF=10）
课题组目前有副/助理研究员（教师事业编制岗位）和博士后（长期有效）名额，诚邀优秀博士加入，详情参见：https://www.shsmu.edu.cn/rlzy/info/1011/3848.htm
欢迎具有微生物学、生物信息学、分子生物学和AI等背景的研究生、本科生进行联合培养。
