历史沿革：上海第二医学院由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1985年更名为上海第二医科大学。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2002年又通过了“211工程”“九五”项目验收和“十五”建设项目论证。
实力规模：学校有14个学院；1个校直属系（部）；1所全国重点卫生学校；5所综合性附属医院；1所专科性附属医院，13所教学医院，126个教研室。有2个七年制本硕连读专业，8个本科专业，8个三年制高职高专专业，有博士后流动站3个，二级学科博士点31个，硕士点47个。
学校有国家教育部重点学科6个，上海市重点学科7个（其中“重中之重”学科2个），上海市教委重点学科23个，上海市医学领先专业重点学科9个，上海市临床医学中心8个。学校有国家重点实验室1个，教育部重点实验室1个，卫生部重点实验室3个，上海市重点实验室8个，世界卫生组织（WHO）合作中心2个，上海市级研究所15个,10个学科列入“211工程”重点建设学科。
学校拥有一批国内外著名的医学专家和学者，其中包括中国科学院院士1人，中国工程院院士6人；首席科学家4人；长江学者计划特聘教授4人；长江学者计划讲座教授1人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；国家“杰出专业技术人才”2人，国家杰出青年基金获得者7人，教育部“跨世纪人才计划”3人，卫生部“有突出贡献中青年专家”3人，享受国务院颁发的政府特殊津贴293人。1人获首届“上海市教育功臣”称号,3人获“上海市科技精英”称号，1人获世界十大杰出女科学家提名奖。享受国务院颁发政府特殊津贴的293人；市级以上重点学科带头人36人；博士生导师206人，硕士生导师571人；200人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体内担任要职。
科研能力：凭借较强的科研竞争力，“九五”期间共获得各级纵向科研项目447项（国家级项目135项），其中国家重点基础研究“973”项目4项，国家自然科学基金重大项目3.5项。学校还承担教育和社会科学研究项目67项，其中国家教育部“面向21世纪”项目6项。“九五”期间共获得省级以上科技成果奖199项，其中2000年度国家自然科学奖二等奖一项（一等奖空缺），国家科技进步奖16项，国家发明奖1项。
办学特色：学校有几十年的办学经验，历来具有“博采众长、勇于创新、严谨求实、注重质量”的传统和优势。具有临床医学教学条件优裕，临床医学教育和研究相结合；办学模式多元化、人才培养复合型、课程体系多样化、教学方法灵活、积极吸纳国内外先进的办学经验和教学理念的优势和特色。在国内，学校与上海交通大学等院校建立了校际教学协作关系，共同培养临床医学七年制和生物医学工程、公共事业管理、市场营销（医药营销）专业学生。与中国科学院上海生命学院合作成立了健康研究中心，联合开展科学研究。在国际上，同法国、美国、日本、德国、比利时、波兰、荷兰等国的28所学校建立了校际联系，聘请了215位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授，并与世界卫生组织、联合国人口基金会、香港华夏基金会、美国民间健康基金会有着广泛的合作。中法合作办学的临床医学七年制法文班，是中法两国政府的重点合作项目之一。学生在校以法语为第一外语，部分基础课程以法语授课。每年由法方派遣教授来校参与教学。经考核合格者被选送赴法国的医院，作为实习住院医师培训一年。
学校以临床医学教育师资力量强，临床教学条件优越而著称，拥有瑞金、仁济、新华、九院和宝钢等五所综合性附属医院，上海儿童医学中心一所专科性附属医院，核定总床位数4935张，另有经市教委和卫生局评估合格的13所教学医院。是全国附属医院、教学医院和床位数最多的医学院校。
