同德医学院是中华德医学会创办的。德医学会是由同济德文医学堂（同济大学前身）毕业同学于1916年在上海成立的校友会性质的团体。1917年，该会会员沈云扉应聘就任南通医学专门学校主任。1918年沈因故辞职回沪时，该校有10多名学生随沈来沪。沈为使他们能完成学业，于同年8月向中华德医学会倡议开办医科学校。在该会的支持下，推举干事10人组成委员会，筹划建校，募集基金，租麦根路（今淮安路）19号为校舍，定名为同德医学专门学校。推举江逢治为校长，沈云扉为教务长。学制五年，第一年招学生36名，于1918年9月16日正式开学。教员16人，其中12人是同济医科毕业校友，多数为义务兼课。这是同德医学院的肇端。
1919年2月，学校设附属同德医院于青岛路，供学生临床实习，推张近枢为医院院长。同年学校建立解剖、化学、病理等实验室，添置各项教学设施。
1920年2月，德医学会决定，学校独立，由江逢治、沈云扉、张近枢、黄钟等组成学校委员会，主持校务。江逢治聘请社会名流康有为、钱新之、陈光甫、周宗良、江上峰、黄季植、袁履登、袁观澜组成董事会，康有为为主席董事，呈北洋政府教育部备案。
1924年秋，学校委员会因校长人选问题，意见不一，发生矛盾，经董事会调停，改推黄钟为校长，黄钟聘周宗琦为教务长，庞京周为事务长，郑邦彦为附属医院院长。因原址被江逢治改称“崇德医学专门学校”，乃另租麦根路33号为校舍。不久，崇德医专宣告结束，校政重行统一。
1925年秋，黄钟辞职，由庞京周负责。庞重组董事会，聘中法药房经理黄楚九为主席董事，董事会推庞京周为校长兼附属医院院长，曾立群为教务长，朱仰高主持医院业务。经不足，乃向黄楚九商借同孚路（今石龙一路）67弄1号房屋一幢作为校址，并自行筹款在其空地上添造教室及病房，1927年6月新屋落成正式启用。
1930年，教育部颁布新制，同德医学专门学校申报改为医学院，但因校舍不符合规定要求而未能获准。庞京周无奈于1932年辞职，时值“一二?八”事变，无法召开董事会，乃由教务长曾立群召集教师商议，成立由吴忆初、沈谦、金问淇、尤彭熙、顾毓琦、曾立群6人组成临时校务委员会，推顾毓琦为主任委员暂维校务。
顾毓琦聘请邵力子、李大超、潘公展、吴敬恒、颜福庆、虞洽唧、毛和源、王心如、陈星五、余云岫、周邦俊、程慕颐、李元善、范守渊、庞京周暨院务委员共22人组成新校董会，推邵力子为主席董事，顾毓琦为院长。1934年成立同德医学院新校舍募建委员会，校董、教职工、校友、学生家长纷纷捐资相助，并向银行借贷一部分，购得江湾翔殷路五亩土地建造新校舍。于1935年夏竣工，是年9月经批准立案，正式改为私立上海同德医学院，学制为六年。新学年开始，一、二、三年级学生迁入新址上课，四、五年级仍在同孚路附属医院。
1937年“八?一三”战事起，同德师生辛苦建设起来的校园除教学楼外，在日军炮火下荡然无存，勉强挤在同孚路附属医院，另租附近乐群中学四间教室上课。1937年11月，国军西撤，同济大学、上海医学院（今上海医科大学）奉命内迁，但两校教授学生因往内地交通阻塞而留沪者仍不少，重庆教育部嘱令学生到同德借读，以完成学业。当时上医留沪教授周诚浒、乐文照、粟宗华、高日枚、张鋆、李亮、邹仲等也到同德兼课。1941年底日军进入市区，上海与内地交通隔绝，沪上高中毕业生到同德报考者甚多，学校尽力扩增新生名额，当年在校学生为551人。
1945年抗战胜利后，教育部派员来沪办青年辅导班，即指令借同德翔殷路校址。青辅班结束，该部又令同济大学借用，同德因此而未收回江湾院址进行重建。
战后，改组董事会，仍推邵力子为主席董事出有因。同德医学院得到了善后救济总署分配的美制100张病床的野战医院全套设备以及拨款扩建病房，添置20架显微镜。
1949年解放后，华东军政委员会教育部颁布《华东区私立高等学校董事会组织暂行纲要》，顾毓琦与学校工会、校友会协商，推荐新的董事会人选，报华东教育部审核。新董事会成员有邵力子、荣毅仁、吴蕴初、朱恒壁、余氵贺 、陈邦典、陈王善继、苏复、郑定竹、钱士良、陈建晨、王世伟、马永江、林有泉、高日枚、苏祖雯、黄钟强、杨保俶、李元善、庞京周、沈谦、吴忆初、曾立群、顾毓琦等24人组成，仍推邵力子为主席校董。
1951年1月，邵力子到上海，召开院董事会议。根据华东教育部的指示，仍由顾毓琦任院长，并改组行政机构，设教务处、总务处、取消训育处、进行人事调整，由杨保俶任教务主任，童致棱为副主任，谢大任为总务主任。华东教育部还拨款给同德医学院，用以购置教学设备、药品、器材和图书，以改善教学条件。
同德的专业课程设置。在1918年—1935年的17年间是一个医疗专业的专科学校，学制五年。和德国人早年所创办的同济医科相似，前期二年，设解剖、组胚、生理、物理、化学、生物及外国语（德语及拉丁文）等基础科目；后期三年包括临床实习在内，科目有病理、细菌、寄生虫、诊断、放射、卫生、药理、处方学以及内科、外科、儿科、妇产科、皮肤性病、精神神经、眼、耳鼻喉等科。第五年除听力外在附属医院实习。五年期满考试及格者予以毕业。
1930年，同德医专受江苏高等法院之委托，特设法医专修班，定名为“同德医学专门学校附设法医讲习所”，学习期限为一年，办了一期结束。
后阶段的同德医学院，即1935年—1952年的17年间，学制改为六年，在科目上前期添了高等数学、普通化学、生物学和国文，后期增设实验诊断、物理诊断、泌尿科、骨科及整形外科。
同德医学院附属医院病床不到100张，只能供部分学生分批见习。临床实习基本由学生自找医院，大部分到市立医院和有一定基础的私立医院实习，也有一些学生去南京中央医院、鼓楼医院、芜湖弋矶山医院实习。实习一年结束考试及格者准予毕业，并授予医学学士学位。
1952年原系调整是，同德医学院有教职工58人（其中教学人员38人，职工8人，工友12人）、学生429人，师生一起合并到上海第二医学院。附属同德医院仍维持私立性质，仍由顾毓琦任院长。1955年该院与浙绍医院、尚贤堂妇孺医院合并成立上海北站医院，顾毓琦任北站医院院长。
同德建校后就成立学生会，参加了“五四”学生运动。1925年“五?卅”运动，共产党人恽代英曾两次借同德开会发动工人罢工、学生罢课，抗议日本帝国主义的暴行。1940年学校开始有了中共地下党员，他们在学生中广交朋友，培养积极分子，发展进步力量。1944年成立学生自治会，学生会成为党领导的全校性公开合法组织，为开展学生运动创造了条件。1945年初建立党支部，同年夏建立学生自制会党团，进一步加强党对学生运动的领导。同德学生参加了全市性一系列爱国民主运动，经受了锻炼和考验，不少学生如王希孟、吴涤苍等解放后成为上海市卫生局的党政领导。
同德医学院是一所国人自办的私立学校，在坎坷中发展，34年总共培养毕业生1055人，对我国医疗卫生事业的进步与发展做出了贡献。
