上海交通大学医学院档案馆前身是上海第二医科大学档案馆，始建于1989年6月。1999年，上海交大医学院（上海第二医科大学）档案馆晋升为国家一级档案馆。
医学院档案馆是永久保存医学院档案的基地以及提供档案信息资源服务的中心，档案馆为处级建制，内设三个室：业务指导室、档案管理室、编研征集室，全面履行档案行政管理和档案保管利用两种职能。现有工作人员13人，其中高级职称2人，博士学位1人，硕士学位4人。形成以医学院分管领导、部门分管负责人、专兼职档案干部相结合的档案管理队伍。
医学院档案馆总建筑面积1566M2，库房建筑面积1390M2。馆藏档案全宗包括上海交通大学医学院、上海第二医科大学（原上海第二医学院）、圣约翰大学、震旦大学、同德医学院、伯特利及伯特利护士学校、上海助产学校、上海卫生人员训练所、上海市卫生学校、上海市医学专科学校、上海市嘉定卫校、上海市半农半读医学专科学校、上海第二医学院卫生学校、后方瑞金医院、后方古田医院等14个全宗。馆藏门类齐全，包括党群类、行政类、教学类、科研类、外事类、基本建设类、仪器设备类、出版类、财会类、声像类、人物类、实物类、历史等13大类。至2016年12月，共有馆藏档案117345卷，照片27470张，磁带207盘，光盘13645张。
档案馆不断拓宽档案资源建设渠道。实现与OA系统对接，形成“文档一体化”的档案管理模式；积极推进馆藏档案和增量档案的数字化，馆藏档案（应做数字化档案）数字化率达90%以上。同时，注重“三重”档案、实物档案、人物档案的收集、征集工作。医学院档案馆远赴法国、比利时、北京、蚌埠等地征集校史档案。
档案馆不断创新服务形式。建立电子阅览室，实现开放档案的自主查询，在线利用。根据权限，提供校园网内部开放档案的远程利用服务。开展学历、学位，成绩的中英文翻译等网上认证工作。档案馆每年接待各类查档利用千余人次，档案利用4000余卷。
2012年，交大医学院数字档案馆建设项目通过验收。通过整合医学院档案信息管理系统、档案信息查询利用系统、多媒体档案管理系统等，满足档案工作科学管理，安全存储，多渠道利用的需求。
2016年，更新档案装具和设备，对库房恒温恒湿智能管理系统进行改造升级，实现库房智能控制、自动报警、远程监督等管理功能，切实保障库房和实体档案安全。
档案馆积极树立档案文化品牌，推动学院文化建设。开展档案专题数据库建设，同时整合档案资源，深度挖掘，形成一系列特色档案编研成果。充分发挥院史馆作为学院文化展示和学生教育基地的重要作用。2016年，院史馆重新修缮，搬迁至医学院东院6舍。实施人物口述史采访和研究工作项目。以国际档案日为契机，每年举办档案日主题活动，弘扬学院文化，传承大医精神。档案工作服务学院，服务社会的能力不断提升。
档案馆先后荣获1991年上海市档案系统先进单位，1998年上海市学校档案工作先进集体、2000年上海市档案系统先进集体、2013年度上海市教育系统“巾帼文明岗”等荣誉称号。
馆址：上海交通大学医学院西院一号楼 上海市重庆南路280号
邮编：200025
咨询电话：63846590-776409
传真：64667423
档案馆网址：http:// archives.shsmu.edu.cn
