上海第二医科大学校友会经上海市民政局批准，于一九八八年十月成立。多年来，在在海内外广大校友大力支持和协助下，校友会以“增进友谊，沟通信息，交流经验，加强合作，促进学校的建设和发展”为宗旨，已成为联络、团结、凝聚海内外、各地区校友的纽带。

上海第二医科大学校友会由二医大历史上各个时期毕业的海内外校友自愿组成的，包括上海约翰大学校友、震旦大学校友、同德医学院校友、上海第二医学院校友、上海第二医科大学校友，以及上海交通大学医学院校友。二医大校友会第一届理事会至第六届理事会会长都由母校校长（或院长）亲自担任。现任会长是医学院院长朱正纲。王一飞、范关荣、沈晓明三位前任校长均是校友会的前任会长。谢丽娟、林佳楣、王振义、陈竺、陈敏章、陈中伟、倪葆春、邝安堃等是现任或历任校友会的名誉会长。目前，二医大校友会共有50个分会分布在全国十几个城市和海外多个国家和地区。               

校友是学校的宝贵资源，是社会发展的重要力量.是办好学校的重要依靠，因此，校友工作是学校工作的一个组成部分。加强校友联络，凝聚校友力量，发挥校友资源优势，对于增强学校活力，促进学校医教研的发展将有极大的促进作用。校友会的主要任务是为校友与母校之间的活动提供方便，为校友之间的联络搭建平台，通过大家的共同努力，达到校友与母校同进步、共发展的双赢局面。