1月16日 上海市政府任命：王一飞为上海第二医科大学校长，免去王振义校长职务。
2月22日—26日 学校举办第二届中日整形外科会议。会议主席张涤生。
3月25日 史济湘荣获美国烧伤学会1988年度“伊文思”奖。翌年又获意大利“惠特克基金国际烧伤医学奖”，并经评委会邀请担任1990年度该基金会评选委员。
4月7日 合肥路高层教工住宅竣工，建筑面积11710㎡。
4月 卫生部批准中国遗传医学中心上海新生儿筛选和遗传代谢部成立。该部设在上海市儿科医学研究所，主任陈瑞冠。
5月7日—6月4日 第四次教育思想讨论会，研究执行“三、五、七”学制，修订教学计划，建立课程质量评估制度，引入竞争机制。
5月20日 免疫学专家、一级教授余贺病逝，享年85岁。
5月26日 上海第二医科大学与美国民间健康基金会联合主办中国第一届国际口腔颌面外科学术会议，会议在上海科学会堂举行。邱蔚六教授及张锡泽教授任会议共同主席。
6月11日 经国家教委批准上海第二医科大学为试办七年制的高等医学院校之一。试办专业为临床医学和口腔医学，分别招收学生30名和15名，国家教委规定试办七年制的学校，其五年制本科各专业均列入首批录取新生。
6月21日 上海市烧伤研究所成立。所长史济湘。
6月23日--1989年6月 学校先后为上海市第六人民医院，上海市纺织局第一、第二医院，卢湾区中心医院，市医学检验中心，市儿童医院，市精神卫生中心等11所医院举行教学医院挂牌仪式。
7月8日 学校成立国际学术交流委员会，主任张涤生。
7月18日 比利时国王博杜安一世授予傅培彬教授皇冠荣誉勋章，授勋仪式在比利时驻沪领事馆举行。
9月16日 上海市整复外科研究所成立。所长张涤生。
9月 学校开始招收外国硕士研究生。
10月9日 以王一飞校长为团长的二医大代表团一行3人赴波兰访问革旦斯克医学院，签订两校双边合作协议。
10月15日 校医学情报中心开始设计中文医学期刊数据库。
10月20日 加拿大卫生部副部长纳•贝封登日来校，参加新华儿童医院与加拿大蒙特利尔市圣-贾斯廷儿童医院为姊妹医院的协议签字仪式，谢丽娟副市长参加了仪式。
10月 市高教局批准二医大设置医学营养专业，主任史奎雄。
11月14日—16日 上海第一届国际胃肠道癌肿瘤会议在上海展览中心召开。江绍基教授任会议主席，日本东京昭和大学栗原稔教授等9人担任共同大会主席。谢丽娟副市长到会致词，卫生部陈敏章部长在闭幕式上讲话。
12月25日 二医大教师“配套成组”出国进修的经验在上海市留学生管理工作会议上作介绍，随后在国家教委派遣留学生工作会议上受到表彰。
12月28日 《中国上海仁济医院—美国旧金山圣玛丽医院心血管学术交流中心》协议书在沪签订，并举行挂牌仪式。
12月31日 学校思想政治工作研究会成立，会长林萌亚。
本年 二医大被评为市高教系统文明单位。
本年 学校与复旦大学建立校际合作，将临床医学专业七年制及五年制英文班60名新生，送复旦生命科学学院学习第一学年的理科基础课程。
本年 招收本科生657名，专科生82名，博士研究生15名，硕士研究生116名。毕业本科生613名，博士研究生14名，硕士研究生126名。
本年 获奖研究生成果：国家发明四等奖1项，国家科技进步奖三等奖1项，国家教委二等奖3项，国家计生委三等奖1项，卫生部二等奖1项、三等奖2项，上海市一等奖1项、二等奖2项、三等奖6项、新产品三等奖2项。
本年 王振义当选七届全国人大代表。
本年 董方中任七届全国政协委员。
本年 李国衡、蚁国钧、金正均、杨宠莹、龚兰生当选市九届人大代表。李国衡为人大常委会委员。
本年 江绍基、欧阳仁荣、陈家伦、佘亚雄、陈仁彪、朱仲刚、陆道炎、陈梅芳、荣烨之、陶祥龄、黄宗仁、戴克戎、史秉璋、严隽鸿、蔡琰任市七届政协委员。江绍基、欧阳仁荣、陈家伦、佘亚雄当选政协常委。
本年 先进集体与个人：
本年 卫生部授予赴摩洛哥第四批医疗队“医疗队先进集体”称号。
本年 国家级“有突出贡献中青年科技专家”王一飞、许以平。
本年 全国卫生系统先进个人 戴克戎、金西铭、苏肇伉。
本年 卫生部援外医疗队模范队长 安世源。
本年 上海市“三八”红旗手 杨宠莹、薛培、余慧贞、金毓翠、吴圣楣、顾越英。
