蛋白质定性分析是指利用质谱对样品中的蛋白质进行鉴定和序列分析，目前应用最广的蛋白质定性分析策略为“bottom-up”，即蛋白质经过蛋白酶酶解消化成肽段，质谱分析肽段信息，利用软件进行数据库检索或者De Novo分析肽段序列信息，从而推断蛋白质的信息。

蛋白质定量分析是指利用质谱对样品中的蛋白质组进行定性和定量分析，目前包括非靶向性的相对定量分析以及靶向性的绝对定量分析。