样本来源

可分析各种来源的样本，对于样本的来源没有特殊的要求。如模式动物、组织、培养的细胞、体液样本、植物、微生物等，均可做蛋白质组学的分析。

样本准备

将新鲜采集的样本，直接冷冻于-80℃冰箱中保存。

待样本收集齐全后，将样本与干冰一起寄送。注意在整个冻存和寄送期间，避免样本反复冻融，防止蛋白质降解。

差异定量

基于蛋白质组的相对定量研究与转录组芯片、RNA-Seq在目的上基本类似，就是寻找2种或者更多种不同状态、时间、品种的样品在蛋白表达水平上的差异。从而与其在表型上的差别进行关联和深入研究。这是目前蛋白质组学技术与生物学、临床结合最紧密也是应用最多的技术路线。

研究流程

方案选择简易推荐

标记定量ITRAQ/TMT

对于需要用标记定量的蛋白质样品，在提取出高质量的蛋白质后，需要对样品进行同位素标记。可根据样品的数量选择标记的试剂（iTRAQ：2-8个样品，TMT：2-10个样品）。

非标记定量

对于非标记定量的蛋白质组学（Label-free Quantitation）分析。分为DDA/DIA（SWATH）LFQ两大类方法。非标记定量方法不需要标记试剂，对体系的干扰最小，成本相对较低，对样本的数量也没有限制，可同时定量2~无限种状态的样本。其差异分析主要依赖于软件的平行比对和计算。因此对软件的要求较高。在样品较少的情况下，我们推荐DDA-LFQ方法，大量样品需要定量筛选的情况下，推荐DIA(SWATH)-LFQ方法，后者实验流程、数据分析较为复杂，但可以平行检测几十上百种生物学样品。

实验原理介绍(点击展开大图)

标记定量

非标记定量

质谱鉴定原理