上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心心胸外科，是国家重点学科、国家“211工程”重点建设学科、上海市临床医学中心“重中之重”建设单位、上海市医学领先学科和上海市医学重点学科。是我国最早开展婴幼儿先心病手术的单位，我国首例婴幼儿先心病手术是1973年由科室第一任主任—中国小儿心胸外科专业的奠基人丁文祥教授主刀完成。科室先后共有丁文祥、苏肇伉、曹鼎方、刘锦纷、黄惠民等5位教授获得过国务院政府特殊津贴。经过几代人的共同努力，上海儿童医学中心心胸外科已经成为国内最具规模、国际上有着重要影响力的儿童先心病诊治中心，在海内外一直保持着小儿心胸外科临床治疗和科研方面的领先优势。

心胸外科每年小儿心脏手术例数约3800例，年手术量常年居于世界各儿童心脏病中心的首位。每年新生儿心内直视手术超过200例，无论在量和质方面，均位居国际领先行列。近年来，学科以新生儿、复杂型先天性心脏病、微创胸外手术、微创心脏手术为主攻方向，开展婴幼儿各种复杂先天性心脏病手术治疗。在心胸外科收治的病人中，复杂、疑难先心病患者占比大于60%，非上海本地患者占比超过95%。在2019年，科室手术成功率在99%以上，手术最小年龄为生后2小时，最轻体重600g。心胸外科拥有外科、体外循环、监护、护理等各专业完整的品牌团队，团队拥有博士生导师5名，硕士生导师11名。40余年来已施行先天性心脏病手术50000余例，同时为全国各地培养了大批先心病治疗的专业医务人员。科室成立至今始终把先进医疗关键技术的突破放在优先发展地位，在国内率先开展大血管转位手术、双调转手术、单心室转化为双心室手术、Ozaki手术、Nikaidoh手术等多项国际领先新技术并在全国推广。

在先心病的临床与基础研究方面，几十年前科室筹建了上海市小儿先天性心脏病研究所，拥有一批专业编制的优秀科研人员，配合医务人员展开了以临床需求为导向的转化医学研究。科室先后承担了国家重点研发专项、国家自然科学基金项目、上海市科委重大专项等科研项目数十项；在全国儿科系统总共获得的12项国家科技进步奖（二等奖，三等奖）中，有3项为心胸外科获得（国家科技进步二等奖2项，国家科技进步三等奖1项）；另外科室还获得上海市科技进步一等奖2项，上海市科技进步二等奖和三等奖8项，上海市临床医疗成果奖4项等。近年来,基于心胸外科研究平台的相关研究陆续发表在《Circulation》、《Circulation Research》、《Biomaterials》、《JTCVS》、《Annuals of Throacic Surgery》等心血管相关领域权威期刊上。