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在卓越医学人才培养方面，基础医学院承担了多学制、多专业、多层次和多种形式的基础医学教学工作。近年来，基础医学院开展了广泛的教学改革工作，率先采用“器官系统整合式”教学模式和“问题为基础的学习”（PBL）、“探究为基础的学习”（RBL）等新型教学方法，坚持临床医学法文班教学特色，随着上海-渥太华联合医学院的建立，将进一步推动英文班双语教学的开展。作为市教委的骨干教师教学激励计划的试点单位，基础 医学院遴选了19个理论教学团队和5个实验教学团队，遵循“团队牵引、首席负责、全程激励、制度保障”原则，全面推进课程改革。
学院有国家重点学科1个（病理学与病理生理学），“211工程”三期重点学科4个（医学分子细胞生物学、医学免疫学、病理学与病理生理学、遗传发育与生殖医学），上海高校高原学科3个（基础医学、药学、生物学），上海市重点学科（第三期）1个（人体解剖与组织胚胎学），上海市教委重点学科（第五期）2个（基础医学、免疫学）。近年来，围绕上海交通大学创建世界一流大学的战略目标，在医学院的统一部署下，基础医学院结合自身特点，全面推进学科整合重组工作，逐步将最小行政设置从教研室转变为系，形成新的系-所结合的组织架构，充分发挥学科交叉优势，实行院长领导下的学科（系）负责制和学科（系）规划下的研究组长（PI）负责制，同时按教学与科研工作的需要，系内设科研研究组与教学课程组，以科研反哺教学，形成教学、科研工作双管齐下、相辅相成的新格局。顺应重大疾病跨学科交叉研究的必然趋势及当今转化医学的战略发展，对接国家中长期医药卫生发展规划和上海市老龄化问题社会需求，聚焦肿瘤、感染和免疫性疾病、神经性疾病、代谢和心血管疾病、生殖健康等专题开展基础研究，在长期积累尤其是近年快速发展的基础上，逐步形成了各系/学科群的研究特色和优势。2012年教育部学位与研究生教育发展中心学科评估结果显示，上海交通大学医学院基础医学学科位列全国第三。
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