上海交通大学公共卫生学院是上海交通大学医学院的重要组成部分，于2002年4月22日由原上海第二医科大学卫生事业管理系与基础医学院预防医学教研室合并组成。2005年，原上海交通大学和原上海第二医科大学正式合并，改名为上海交通大学公共卫生学院。2012年6月，上海交通大学医学院与上海市疾病预防控制中心正式签约共建上海交通大学公共卫生学院。

公共卫生学院现有5个系——流行病学与生物统计学系 、环境与健康系、 社会医学与卫生事业管理系、社区健康与行为医学/少儿卫生与妇幼保健学系，食品安全与毒理学系，以及公共卫生实验平台、上海市转化医学协同创新中心-食品安全与毒理学评价中心、智慧健康研究中心、生命早期健康研究中心、生物信息与数据挖掘创新研究中心、营养与健康促进研究中心、主动健康与决策研究中心等研究单元。学院现有公共卫生与预防医学一级学科博士学位授予点1个，公共卫生与预防医学科学学位及公共卫生专业硕士学位授予点2个，包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、社会医学与卫生事业管理6个学科方向，形成了集全日制本科、科学硕士、专业硕士、博士和博士后的多层次办学格局。

公共卫生学院坚决贯彻“人才强院”的主战略，切实加强高层次人才队伍建设和青年人才的培养，现有国家杰出青年科学基金获得者、优秀青年科学基金获得者、上海市领军人才、上海市青年拔尖人才等一批优秀人才。学院紧抓医学院大力发展公共卫生与预防学科的良好机遇，以医学院和上海市疾病预防控制中心共建公共卫生学院为契机，大力推进与各大医院以及区（县）卫健委的深度合作，本着“资源共享，优势互补，紧密合作，共同发展”的原则，以“改革创新、科学发展”为主线，着力转变科研、教学和人才培养模式；加强高素质创新人才引进和培养，建设学科协同创新人才“特区”，着力推进学科交叉，培育学科新的增长点，力争在若干重大领域上实现突破性进展；建设新一代具有全球视野的卓越的公共卫生人才培养基地、科学发现和知识创新的研究基地，预防医学与临床医学协同创新的科学研究基地，以及面向世界的公共卫生服务基地。