上海交通大学医学院2009年本科招生继续单独列计划，单独设定提档分数线和单独录取。计划录取本科生近700名，与往年相比略有下降，同时在上海市的招生人数和比例继续减小(上海市近300名)。招生的专业也略有减少，公共事业管理和药学两个专业2009年暂停招生。

塑造高素质精英、培养创新能力人才，是上海交大医学院的人才培养目标，也是建设“一流交大，一流医学院”的重要基础。根据医学院中长期规划确定的学院基本定位，医学院把社会认可度高、就业情况稳定、专业有特色并已列入教育部特色专业的临床医学、口腔医学、医学检验和上海市教育高地建设的护理学等专业作为重点发展的专业。为此，上海交大医学院2009年招生的专业确定为临床医学、口腔医学、医学检验、护理学、预防医学和营养学等六个专业。

上海交通大学与上海第二医科大学合并后的交大医学院，作为教育部的所属院校，2009年属地（上海市）招生计划继续减少，跨省招生计划有所增加，跨省招生计划的增量部分主要安排在中西部地区、生源大省和实施“平行志愿”投档改革的省市。这与今年上海市考生人数的下降，以及教育部对部属高等院校招生计划的调整要求相一致。2009年新增加的是河北省和云南省。至此，我院在全国招生的省市已经达到19个。