上海交通大学医学院院史馆于2012年10月26日建成，2016年为庆祝上海交通大学120周年，体现校院间文化深度融合，经过修整，医学院院史馆新馆从西院老红楼底楼搬迁至东院六舍，于4月7日重新建成开馆。

新院史馆设计紧扣“教书育人”“百年树人”的理念，同时将院训“博极医源，精勤不倦”的精神融合在设计之中，彰显医学院特色。展馆共有上下二层楼，分为前言、领导关怀、杏林英华、薪火传承、百年树人、创新之光、厚德为医、博采众长、精神家园、后记等板块，玄关前刻有医学院院徽的圆坛象征医学院悠久的历史，同时也象征听诊器，从中传来“砰-砰”的心跳声，寓意着生命的脉搏跳动不息。展馆设有多媒体互动体验区和留言休息区，让参观者可以进行充分的体验和互动。其中校友查询平台收录了医学院创建60年来辛勤培育的4万余名历届毕业生校友信息和600余张毕业生合影，内容包括毕业生学号、姓名、性别、专业、年级和毕业年份等。整个院史馆的设计突显医学特色，充分体现了医学院历史的厚重感。展馆通过大型投影仪、电子屏、触摸屏等现代高科技手段，以古朴中带有时尚的元素作为设计基调，采用圆弧形、波浪形、腾空形、内嵌形等时尚元素，以三维方式全方位立体展现了医学院的历史风貌，整体感强烈，富于想象，寓意深刻，配上“声、光、电”等现代技术后，极具视觉、听觉的冲击力。馆内共展出了1000余张历史照片、100余件珍贵实物真实生动地再现了医学院的发展历程，凸显了医学院的文化底蕴。

院史馆是医学院发展历程的记录与总结，是展现医学院悠久文化的载体与平台，是医学院人“博极医源、精勤不倦”精神的凝固与传承。院史馆展示了医学院人开拓创新、励精图治、奋发有为、创造辉煌的足迹，是一部生动感人、富有教育意义的历史教材。