第一，国际合作协同，通力共建渥太华联合医学院。上海-渥太华联合医学院医学院将引进北美医学教学课程体系、教学方法和师资等一流资源，彻底改革原有的本科医学课程教学体系，运用渥太华大学医学院先进的PSD（Physical Skill Development）、SIM（Society, the Individual and Medicine）、CBL（Case Based Learning）、SLM（Self Learning Module）e-Portfolio等模块式教学和网上课程平台系统，将医学院伦理和人文精神融入到各个模块教学中，充分调动学生的学习热情和主动性，加强师生交流和互动。第二，建设系统生物医学协同创新中心。中心筹建是学院为响应国家“高等学校创新能力提升计划”（即“2011计划”）的重大举措，是以上海交通大学为牵头单位，联合复旦大学、中科院上海生命科学研究院/健康所、国家人类基因组南方研究中心、中科院药物研究所、北京生命科学研究所，依托转化医学国家重大科技基础设施（上海），以一流人才为主导、杰出拔尖中青年创新人才为主体、融合多学科为一体的新型协同创新机构。第三，建设上海交通大学医学院-中国科学院神经科学研究所“脑疾病临床研究中心”。中心根据前期征集专家合作项目建议的基础上确定了四个中心联合攻关方向：1）神经退行性病变机理和早期诊断研究；2）精神障碍早期诊断/疗效检测指标综合体系研究；3）脑损伤相关功能障碍的机制与干预研究；4）脑调控技术和机理研究，并围绕四个方面率先启动科研合作项目。经专家评议，共确定8个项目作为中心2015年率先启动项目。“脑疾病临床研究中心”合作平台的建设目前已纳入教委高峰高原学科建设计划，同时也获得教委“高校-中科院合作平台建设项目”资助。