学院进一步打造“平安校园”。第一，建立平安单位创建工作机制。修订完善《交大医学院消防安全管理规定》，与各部门签订“安全生产责任书”，建立安全应急反应制度，制定和完善学生群体性突发事件应急处置预案、校园反恐应急处置预案等管理制度和处置流程与办法。第二，定期开展重点场所安全检查。学院对易制毒品、同位素、生物试剂及管控药品进行严格管理，各类实验药品实施统一归口集中的网上申购管理，药品试剂领用实施台账登记制度，实验室危险废弃物实施规范分类、统一收集处置，以确保药品试剂管理处于全过程有控状态。学院已多次蝉联“上海市安全文明校园”。