上海交通大学医学院（原上海第二医科大学）心理咨询中心成立于1995年，现为上海高校心理咨询协会常务理事单位。中心共有办公（含档案保管）、咨询、团体辅导用房3间（套）、累计使用面积98平方米；主要设备有心理沙盘（2个沙盘及1000余件沙具）、音乐放松椅（1个）、便携式心理训练仪（3台）等。2017年校拨经费总额133800元，生均17.37元。

2005年，原上海交通大学与原上海第二医科大学两校合并后，医学院心理咨询中心未独立参评上海高校学生心理健康教育与咨询中心达标建设，而是作为上海交通大学学生心理健康工作的重要组成部分、随同校心理咨询中心于2014年通过了达标评估。

2017年，中心共有专职心理咨询教师2名、兼职心理咨询教师8名，承担全院7704名本科、长学制学生与研究生的心理健康教育、心理咨询工作（学生人数计算节点为2017年10月1日），师生比为1：1649（注：根据《上海高校学生心理健康教育工作评估标准（试行）（沪教委德[2007]3号）》，每周咨询1天及以上的兼职咨询教师，3人合并折算为1名专职人数）。

医学院自2009年起逐步确立了“一个核心环节、两项基础工作、三级网格体系、四方共同参与”的大学生心理健康教育、心理关怀目标架构，建立起三级心理健康网格体系，并编制了《上海交通大学医学院学生心理危机干预总体预案（草案）》。自2014年开始，与附属精神卫生中心签订“大学生心理健康绿色通道”工作备忘录，保障医学院学生向精神卫生中心转介的规范化与便利化，进一步完善了心理关怀三级网络体系。

中心通过网上测试的形式进行新生心理健康普查（普查范围涵盖全体新入学的本科、长学制学生与研究生），所使用的量表主要有《大学生人格健康调查表（UPI）》、《卡特尔16种人格因素测验(16PF)》，测试网址为http://202.120.143.44/。对普测筛查出的“一级预警”的同学，中心通过发送信函和电子邮件的形式主动约见，进行个别谈话并作好记录，归入本人心理健康档案。全部数据和档案资料托管存放于医学院网络信息中心。