学院不断优化教学管理流程和整合式课程教学方案。第一，完善教学质量监控体系和事故处理机制。认真贯彻落实《上海交通大学医学院骨干教师教学激励计划实施方案》，保障教学质量。第二，健全语言文字管理机制。医学院每年积极组织学生参加普通话测试，并在测试前进行专门的培训。第三，推进学科和专业建设。“高峰高原”学科建设项目作为医学院重点建设项目已开展了3年。2017年5月初，上海市教委召开了“上海市高校高峰高原第一阶段绩效评价工作布置会”，医学院对照高峰高原建设各项管理办法和项目建设计划，组织了学科和学校两个层面的自查。经教委组织专家评审，生物学和基础医学2个学科获评“优秀”，临床医学、药学、医学技术及护理学4个学科获评“良好”，余2个学科（口腔医学、公共卫生与预防医学）为“合格”。