学院建立和完善内部治理制度。第一，落实综合改革方案。全面改革职称聘任制度，出台《医学院思政教师专业技术职务聘任实施办法》等系列制度。第二，健全学术文员会制度。2017年6月22日，医学院召开2016-2017学年第二次学术委员会会议，听取了“高峰高原”学科建设第一阶段总结，为编制国家“一流学科”建设方案出谋划策。第三，健全民主管理制度建设。结合医学院教学实际情况，制定了教学委员会章程，同时完善管理组织结构，组建了新一届教学委员会。第四，充分发挥学生会、研究会作用。围绕卓越医学人才培养的目标，以兼职辅导员、研究生会、各班团为抓手，通过定期召开前-后期联合工作例会、线上-线下多渠道沟通等形式充分反馈、沟通、传达，使工作开展全局考虑到各培养单位不同层次研究生的需求。第五，严格规范招生制度。2017年本科生招生严格按照《上海交通大学2017年本科招生章程》和《上海交通大学医学院2017年本科招生实施细则》来执行。