财务制度建设是财务工作规范化的基础和保障，是财务人员行使管理职能的重要依据，完善制度建设是形势发展的要求同时也能够理顺业务流程，为提高财务服务质量提供制度上的保障。财务处认真贯彻执行国家出台的各类财经制度并结合医学院工作特点，先后制订和修订了各类管理制度，制度内容涵盖综合管理类、人员经费管理类、财务管理类、费用开支标准类、教育收费管理类、国有资产管理类等大类，并汇编印刷成《上海交通大学医学院财务管理制度汇编》。

2017年修订了《上海交通大学医学院预算管理办法》。新修订的预算管理办法，健全了医学院的预算管理体制，进一步明晰了各级部门预算管理的职责，并按照预算管理的全过程，对预算的各个环节建立明确的制度，包含预算编制、预算执行、预算调整、绩效考核、预算监督等具体内容，明确了预算管理工作的严肃性，增强了预算的约束性，保障了医学院各项事业的健康发展。同时，为进一步规范支出管理，优化支出结构，提高资金效益，促进医学院各项事业的健康发展，财务处全面梳理现有的规章制度，结合实际，2017年修订完善了《上海交通大学医学院财务报销相关规定》 《上海交通大学医学院国内差旅费管理办法》 《上海交通大学医学院公务卡管理办法》。这些财务报销制度的修订，使日常经费使用有章可循，资金管理更加健康有序，财务管理制度体系更趋完善。