严格规范教育收费管理。交大医学院严格执行教育收费报批报备制度，按上级主管部门的规定组织收费；严格执行教育收费公示制度，通过招生简章、录取通知书、设立公示牌、公示墙、校园信息公开网等多种形式，向社会公布收费项目、收费标准等相关内容，保护学生及其家长自身合法权益；医学院完善教育收费管理系统，推出学杂费网上查询功能和电子收据网上下载功能，采用微信支付、支付宝支付、网银支付、pos机等多种缴费渠道，构成线上线下相结合、移动端与电脑端相结合的全渠道缴费体系，为学生提供优质的财务服务。
规范项目支出预算管理，提升预算资金使用绩效。根据财政对项目管理的要求，我院正式建立了专项项目库，制订了《上海交通大学医学院项目预算支出管理办法》（沪交医财[2018]12号文）并按规定程序和操作流程完成专项项目的申报、立项、论证、评审和筛选工作，进一步规范和加强了医学院项目支出预算管理，提高资金使用效益，促进医学院各项事业持续、健康发展。
上海交通大学学位评定委员会是学校学位与研究生教育相关事项的最高议事机构，下设的医学院学部委员会根据工作需要每年2次定期召开会议。医学院学位评定委员会由27名委员组成，评定委员会在博士/硕士学位授予、教师招收研究生资格审核、博士/硕士学位授权点增列以及研究生教育相关规章制度建设等过程中，有效履行了学位与研究生教育相关学术事务的决策、审议、评定和咨询功能，充分发挥了教授在研究生教育教学管理中的主导作用。
在研究生招生过程中，不断完善和规范研究生招生工作相关管理规定。确保研究生考试招生工作科学规范、公平公正。深入落实信息公开，从研究生基本复试分数线到复试方案，从复试名单到拟录取结果，研究生院在多个平台上公示，即医学院信息公示平台、上海交通大学研究生招生网站、医学院研究生招生网站等，做到信息公开，接受考生及社会各界的监督。
依规开展严格规范的学籍管理。在遵循《上海交通大学研究生培养管理规定》文件的基础上，结合医学学科特点和实际情况，制定《上海交通大学医学院研究生培养管理补充实施细则》，从学生的权利与义务、新生入学、注册与请假、学习年限、考核与成绩记载、转导师、转专业与转学、休学与复学、培养过程中分流考核、退学、毕业与结业、学业证书管理、校园秩序与课外活动、奖励与处分等方面给出了政策边界、办理流程、管理规范。在学籍制度的落实方面，对在籍学生进行规范严明的学籍过程管理，建立了“每学期结束开展学籍清理”工作机制，对于符合应予退学情形的学生，依规进行学籍清理，推动学籍管理工作向制度健全、管理规范、落实严格不断迈进。
交大医学院严格按照国家相关规定依法办学，现行有效的章程于2014年5月5日经核准。（公开方式：上海交通大学信息公开网: http://xxgk.sjtu.edu.cn/2012/1220/1175.html）
2005年，教育部、上海市人民政府签订了《关于上海交通大学与上海第二医科大学合并的原则意见》（以下简称“《意见》”），上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的交大医学院。根据《意见》内容，交大学医学院享有必要的办学自主权，管理运行相对独立，为非独立法人事业单位,有独立的统一社会信用代码证书。两校合并后，上海市对交大医学院的行政管理、业务指导、财政拨款等保持不变。两校合并十三年来，交大医学院充分发挥“部市共建”“部部共建”的体制机制优势，遵循综合大学的发展规律和医学学科的特殊规律，既保持医教研管的相对完整性，又不断加强与交大校部的融合，基于市属高校的实际情况，成功探索出在综合性大学中发展医学院的实践模式，并得到国内医学类兄弟院校普遍认可。交大医学院为非独立法人事业单位，无法单独制定《上海交通大学医学院章程》，因此在依法治校创建过程中，交大医学院遵循《上海交通大学章程》内容，按照依法治校创建指标体系，结合医学院校的办学规律，不断完善专门队伍建设，稳步推进章程实施工作，为依法治校提供制度保障，优化保障机制，为依法治校提供组织保障。在教育部和上海市教委的领导下，交大医学院始终将依法治校建设摆在学校发展的突出位置，不断提高医学院内部治理体系和治理能力现代化建设，切实提高学校依法决策、民主管理和民主监督水平，形成符合法治精神的育人环境，维护学生、教师和学校的合法权益，不断完善制度建设，使学校全面达到依法治校的基本要求。
根据《章程》第二十二条 学校设立校务委员会，负责学校教学、科研、社会服务、文化传承等方面的咨询和建议。校务委员会成员由本校有影响的现职和离退休教职工代表、知名校友和著名社会人士组成，校务委员会主任由学校党委书记担任。
以常年法律顾问制度和经济合同审阅增设司法审阅流程为抓手，加强了对依法治校的专业化指导。学校设有常年法律顾问，负责合同签订等日常民事行为、依法治校制度建设、法律文书的撰写及审查、处理诉讼及非诉纠纷、开展普法活动，以及提供相关法律咨询，必要时提供书面律师意见；参与起草、修改和审查学院规章制度、规范性文件和其他法律文书；为学院重大决策、办学行为、合同行为进行风险评估并提供法律论证意见，协助审查学院重大事项的相关法律文书；司法审阅国际合作协议及相关材料；基金会合同司法审阅；代理学院诉讼、仲裁等法律事务；参加项目谈判，代理参加诉讼、非诉讼、仲裁或调解活动；参与调解涉及学院的重大纠纷及对外谈判；提供日常的法律咨询；协助学院开展依法治校实践，对有关人员进行法律培训；对学校开展的法制宣传活动提供支持；对防控院内伤害事故等各类法律纠纷提供事前合理化建议及处置预案等事务。并逐年将常年法律顾问业务拓展到更广泛的学校治理领域。历年来，交大医学院法律顾问提供法律咨询，提供书面律师意见，参与起草、修改和审查学院规章制度、规范性文件和其他法律文书，为重大决策、办学行为、合同行为进行风险评估并提供法律论证意见，出具相关法律文书，代理学院诉讼、仲裁等法律事务，参加项目谈判，协助学院开展依法治校实践，在对有关人员进行法律培训等事务的基础上，2018年，将国际交流合作协议司法审阅和信访突出矛盾纠纷事项化解纳入司法审阅范畴，圆满支持了与耶鲁大学合作共建免疫研究中心的前期文书审阅工作，顺利见证、化解十几年积攒的信访纠纷秦位潮事件。2019年，基金会与网络信息中心合作研制上线合同审计司法审阅。
交大医学院深入施行《政府信息公开条例》，逐年对照上海市教育委员会有关“上海高校信息公开评议工作实施方案指标体系”，对标“信息公开目录与指南”，坚持以公开为常态、不公开为例外，将推动信息公开作为深化改革、推进依法行政的重要抓手，通过强化制度机制建设，细化公开内容事项，加强信息发布、解读和回应，依法依规答复信息公开申请，逐步确立行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。设有专职信息公开岗位，设立以医学院院长担任组长的依法治校推进工作及院务公开领导小组，分管副院长主抓相关工作，并由医学院院长办公室负责人担任主任。相关工作注重规章制度建设，根据工作实际，制订《上海交通大学医学院信息公开实施条例》（沪交医〔2018〕32号），修订完善《上海交通大学医学院信息公开实施细则》，按年次编制形成学院“信息公开工作年度报告”，并发布于院务公开网。保障院务公开网日常维护和信息通达，做到“信息公开目录与指南”下主动公开信息的及时公开。以制度建设不断推进行政决策、执行、管理、服务、结果公开；推动实现行政决策公开、执行公开、管理公开、服务公开和结果公开，进而保障师生员工的知情权、参与权、表达权和监督权，提升师生员工对信息公开工作的满意度。信息公开主要途径有：院务公开网、医学院主页门户网站、学院各单位网、院情论坛、教（工）代会、《医源》等平面媒体、微信公众号等新媒体等。
进一步搭建起完整、规范的学术委员会运行模式。筹备召开2019年学术委员会，将请科技处、医管处、人事处等相关部门就高水平地方高校建设项目、创新团队、多中心临床项目、双百人项目等各项进展情况进行汇报，学术委员会对各项目进展成果、发展规划和建设方案进行审议。并敦促相关部门形成专门委员会章程，进一步规范学术委员会的运行。
持续完善学术委员会运行模式，形成常态化管理机制。2020年组织召开学术委员会，构建起更加规范的学术委员会运行模式，不断完善学术委员会的组织构架，形成常态化管理机制。对各学科发展过程中亟待解决的问题寻根问源、深度剖析，对医学院学科建设成效和发展规划路径、模式和建设方案进行研讨，优化资源配置，为医学院相关工作内容、重大项目申报和实施等提供支撑，为医学院的学科发展保驾护航。
上海交通大学学位评定委员会是学校学位与研究生教育相关事项的最高议事机构，下设的医学院学部委员会由27名委员组成，医学院学位评定委员会根据工作需要每年2次定期召开会议，在博士/硕士学位授予、教师招收研究生资格审核、博士/硕士学位授权点增列以及研究生教育相关规章制度建设等过程中，有效履行了学位与研究生教育相关学术事务的决策、审议、评定和咨询功能，充分发挥了教授在研究生教育教学管理中的主导作用。
健全教学委员会制度。结合医学院教学实际情况，2017年制定了教学委员会章程，同时完善管理组织结构，组建了新一届教学委员会。教学委员会是医学院教学事务的议事机构，为医学院教学的重大变革或重要决策提供研究、咨询、审议、指导。2019年，严格按照教学委员会章程，召开教学委员会，审议临床医学专业八年制培养方案调整原则、临床医学专业八年制（口腔医学方向）培养方案调整原则、《临床医学专业培养方案（修订稿）》《上海交通大学医学院关于临床医学专业八年制学位论文工作要求的规定（修订稿）》《儿科学专业“5+3”一体化培养方案》《上海交通大学医学院护理学专业四年制培养方案（修订稿）》《上海交通大学医学院骨干教师教学激励计划实施方案（修订稿）》等，委员们为卓越医学人才培养出谋划策。
工会强化民主管理，凝聚人心，服务医学院改革发展大局，精心筹划，规范有序组织医学院“双代会”。3月召开医学院第九届教代会暨第十四届工代会第二次会议，督促各相关部门做好代表提案回复和落实工作。做好教代会闭会期间的民主管理工作。继续办好《院情论坛》，在2019年《院情论坛》上，医学院党政领导就教代会代表小组审议意见一一进行回复，并通报医学院各项重点工作推进情况。配合组织两场“不忘初心、牢记使命”主题教育民主调研会，邀请教职工代表对学院发展建设建言献策、对学院领导班子提出意见建议。此外，深入推进基层民主建设。指导督促各二级学院组织召开二级教代会，2019年，基础医学院、公共卫生学院、护理学院全部召开了二级教代会。
上海交通大学医学院工会第十四届工会委员会人员构成：医学院党委副书记、工会主席1人，工会常务副主席1人，基础医学院教师、工会兼职副主席1人，二级工会主席8人，学院教师代表2人，行政职工代表1人，产业职工代表1人。共15人。主席：赵文华，副主席：徐汝明(常务副主席)、黄雷（一线教职工代表）。委员：邓珮雯、许文斌、李丽、陈铿、陈广洁、郁松、金蕾、赵文华、秦美娇、顾奋勇、徐汝明、徐爱华、黄雷、章新、童雪梅。
交大医学院实行医学院、二级学院（系）两级管理制度。二级学院（系）作为人才培养、科学研究、学科专业建设的具体组织实施单位，在学校授权范围内实行自主管理，完善制订各项制度，并执行和监督，从事教学、科研活动。例如，二级学院（系）在学校的指导下实行党政联席会议制度、领导干部联系基层制度、院务工作例会、公共卫生学院院领导联系系（科）（含实验中心）制度等，工作中重要事项经过党政联席会议集体研究决定，会议由学院党政领导班子成员参加，必要时也可以吸收其他有关人员列席。
为更好联系群众、服务群众，近年来,二级学院建立了院领导与群众沟通长效机制，即院领导通过参加联系点会议等，主动了解情况，听取意见，调查研究，解决问题，确保各项工作落到实处。院务会将工作中重要事项，提交党政联系会审议，通过一系列管理举措力争做到管理制度化、规范化，权责明确、规范有序、运转高效充分调动教职员工参政、议政积极性，维护教职工合法权益。
根据《章程》第二十二条学校设立校务委员会，负责学校教学、科研、社会服务、文化传承等方面的咨询和建议。校务委员会成员由本校有影响的现职和离退休教职工代表、知名校友和著名社会人士组成，校务委员会主任由学校党委书记担任。
积极推进二级教代会制度建设，按要求在交大医学院二级学院全面落实二级教代会制度。目前，交大医学院二级学院的二级教代会覆盖率100%，将民主管理落实到基层，从制度上保障教职工参与民主管理的深度与广度。
2018年度制定了《上海交通大学医学院干部经济责任审计实施办法》，在oa系统内发布。签订《上海交通大学医学院干部经济责任事项告知书》。完成医学院2017年度行政事业单位内部控制报告。完善合同管理系统，免疫所合同管理参照医学院合同管理，实行会签审批。优化合同会签审批流程，实现合同的专业化归口管理。
2019年度继续执行《上海交通大学医学院干部经济责任审计实施办法》。完成医学院2018年度行政事业单位内部控制报告。完善合同管理系统，部分合同采用格式化模版，在合同会签审批流程中引入专业法务,对专业条款进行审核;启用四大模块的11项格式合同模块,并简化外贸合同签订流程,规范合同文本,优化会签流程,减少合同风险。
继续教育学院根据教育部和上海市教委相关文件精神，严格执行教育部“阳光招生”政策和教育部阳光招生平台有关新生注册、招生数据、学籍数据上报的各项规定，学院按照各个时间节点及时上报招生简章、招生计划、招生学习中心和新生录取注册信息。同时，严格审核招生简章和学习中心招生宣传资料，规范招生全过程管理，明确学院与学习中心招生职责，完善收费、注册和学籍建档等流程管理。在每年招生季，在学院网站主页醒目位置悬挂招生警示，切实保护广大报考人员的权益。
学院公开发布了《上海交通大学医学院网络教育学生学费收缴管理办法》（沪交医网院2016[2]号）《上海交通大学医学院网络教育课程考核及成绩管理办法》（沪交医网院2016[3]号）《上海交通大学网络教育学生学籍管理办法》（沪交医网院2016[4]号）《上海交通大学网络教育校外学习中心的设立及管理办法》（沪交医网院2016[5]号）等制度文件（以上制度文本2018年度继续执行），规范招生、学籍管理、收费等与学生密切相关的工作。网络教育和继续教育学费由医学院财务部门统一收取。
学院坚持以国家教育部、上海市教委下发的一系列关于指导继续教育办学的政策文件为制度指南，严格依法合规办学。建立了预算和决算制度，定期自查学院财务预算执行情况，在合作办学、财务支出、人事政策、重大采购等事项上不断完善制度流程，做到“标准有依据、支出有文本、责任落实人。”
学院建立完善了《继续医学教育管理办法》《经费开支管理办法》《办学经费使用和管理规定》《管理人员岗位绩效津贴及员工薪资绩效考核津贴等发放管理办法》《公务接待管理细则》《公务出差管理条例》等内部控制管理制度，加强工作规范化管理和人员管理。
在教学和招生等各项管理工作中，明确经办人-部门负责人-主管领导-学院三级审核制度，实行“谁主管谁负责”，责任落实到人。
2018年12月，应医学院组织部、审计处等组成的领导经济责任审计工作小组要求，学院对2017年原学院两位领导的经济责任审计工作落实情况作了汇报。
继续教育学院根据教育部和上海市教委相关文件精神，严格执行教育部“阳光招生”政策和教育部阳光招生平台有关新生注册、招生数据、学籍数据上报的各项规定，学院按照各个时间节点及时上报招生简章、招生计划、招生学习中心和新生录取注册信息。同时，严格审核招生简章和学习中心招生宣传资料，规范招生全过程管理，明确学院与学习中心招生职责，完善收费、注册和学籍建档等流程管理。在每年招生季，在学院网站主页醒目位置悬挂招生警示，切实保护广大报考人员的权益。
学院公开发布了《上海交通大学医学院网络教育学生学费收缴管理办法》（沪交医网院2016[2]号）《上海交通大学医学院网络教育课程考核及成绩管理办法》（沪交医网院2016[3]号）《上海交通大学网络教育学生学籍管理办法》（沪交医网院2016[4]号）《上海交通大学网络教育校外学习中心的设立及管理办法》（沪交医网院2016[5]号）等制度文件（以上制度文本2019年度继续执行），规范招生、学籍管理、收费等与学生密切相关的工作。网络教育和继续教育学费由医学院财务部门统一收取。
学院坚持以国家教育部、上海市教委下发的一系列关于指导继续教育办学的政策文件为制度指南，严格依法合规办学。
建立了预算和决算制度，定期自查学院财务预算执行情况，在合作办学、财务支出、人事政策、重大采购等事项上不断完善制度流程。在教学和招生等各项管理工作中，明确经办人-部门负责人-主管领导-学院三级审核制度，做到“标准有依据、支出有文本、责任落实人。”
学院建立完善了《学习中心（站点）考核工作暂行规定》《非学历教育培训讲课（座）费发放管理办法》《关于非学历教育运营部门人员激励的暂行规定》等内部控制管理制度，加强工作规范化管理和人员管理。同时，学历教育与校外学习中心的合作协议书以及非学历教育培训的合作协议书均经过医学院法务审核修订制定了标准协议书版本。
