保护教职工的合法权益，畅通教职工的权益诉求和权利的渠道，是工会工作的基本职能。医学院工会在学院党委的支持下，建立了一整套完备的保障体系，充分保护教职员工的民主权利、劳动权利和其他与教职员工切身利益相关的权利。教职工代表大会是高校管理体制的重要组成部分，是教职工行使民主权利，参与医学院民主管理和民主监督的基本制度和基本形式。医学院工会根据上级相关规定，制定医学院《教职工代表大会工作条例》，条例赋予教代会审议院长提出的学校发展，审议院长提出的学校发展与建设规划，年度计划、重大改革方案、财务预决算、创收分配方案、教职工队伍建设等重大问题，并提出意见和建议；讨论通过岗位责任制方案、教职工奖惩办法和其它与教职工密切有关的重要规章制度；讨论决定教职工住房补贴条例，行政福利费的使用原则和办法以及其它与教职工切身利益有关的生活福利问题。工会根据条例规定，每年召开教职代会。通过审议通过、表决通过等方式，保障教职员工的民主权利和其他合法权益。2011年，在医学院第七届教代会第十次会议上，经教代表审议通过了学院年度工作报告，学院财务年度工作报告，并以票决方式通过了《上海交通大学医学院教职工公寓管理办法》和《上海交通大学医学院教职工集体宿舍管理办法》。教代会的提案工作，是教职员工参与医学院民主管理、维护自身权益的另一条有力的渠道。教代表围绕医学院贯彻执行党和国家的路线、方针、政策、医学院教育事业发展、改革措施以及精神文明建设、医学院教学、科研、管理、服务以及医学院教职工生活福利等方面提出提案，工会组成的提案工作小组，负责提案的落实和处理工作，做到件件有负责部门，件件有落实结果，件件听取提案人的满意度反馈。2011年教代会共形成提案3份，其中关于国外引进人才参与教学的相关提议，学院已出台《上海交通大学医学院关于新任教师承担教学工作的管理规定》；关于进一步培养医学生信息素养的提议，教务处已邀请提案人参加相关课程的讲授和编写，并按计划开课；关于推进医学院教职工健身中心建设的提议，得到学院重视，并在广泛征询建设方案和计划落实中。在教职代会闭会期间，医学院工会围绕学院的中心工作和教职员工关心的热点问题，组织代表们对校园环境、教学环境等进行巡视，发现问题，督促有关部门整改。工会还通过深入基层调研，收集教职员工特别关心的问题，通过组织医学院沙龙，邀请有关领导和教职员工代表面对面交流，来搭建教职工参与学院管理、维护自身权益的另一条途径。2011年工会组织举办了《听取教职工公寓的管理意见》、《低幼衔接专题讲座》两次涉及教职工利益的沙龙，分别对青年教职工的生活保障，子女入学等问题与有关部门进行沟通。工会还在新黄浦区成立后的第一届区人大代表产生后，组织《人大代表与教师面对面》，听取教职工对新黄浦区的建言献策，取得良好的效果。为保障教职工的劳动权益，医学院组成以工会、行政、教职工代表各三分之一人员的劳动争议调解委员会，负责协调学院与教职工的劳动关系，保障教职员工的劳动权益。工会主动从源头上参与，早期介入，引导教职工通过合理合法提出诉求，做好教职工与有关部门的“中间人”，2011年参与调解劳动争议1起，目前正在解决中。