1958年5月农工党上海第二医学院支部筹备组正式成立。1959年3月农工党上海第二医学院支部成立，成员6名，1987年1月16日成立农工党上海第二医科大学总支部，1990年8月10日成立农工党上海第二医科大学第一届委员会。截止2011年7月，成员人数达到305名。

中国农工民主党上海交通大学医学院第六届委员会（2011年9月27日）
主  委：胡翊群 
副主委：管  樑、刘建平、朱  淳、赵  强、孙  皎
委  员：胡  炯、周兆熊、邵新华、何振娟、王丽珍、夏  蓉、徐允芝
秘  书：顾丽君

委员会下设六个总支部、支部
瑞金总支    总支主委：胡大佑  总支副主委：胡炯
仁济总支    总支主委：刘建平  总支副主委：周兆熊、方  炜
新华总支    总支主委：朱  淳  总支副主委：邵新华、吴湘如
九院总支    总支主委：孙  皎  总支副主委：洪  瑾、王  兵
儿中心支部  支部主任：高  伟  支部副主任：徐允芝、白  洁
院本部支部  支部主任：夏  蓉  支部副主任：谢庆文、李  峰

组织发展历程 
农工党上海第二医学院支部筹备组（1958年5月） 党员6人
主  委：魏指薪   副主委：陶慕章

农工党上海第二医学院第一届支部（1959年3月） 党员6人
主  委：魏指薪   副主委：陶慕章

农工党上海第二医学院第二届支部（1961年11月） 党员6人
主  委：魏指薪   副主委：陶慕章

1966年8月~1976年10月 文革期间停止活动，1976年10月后逐渐恢复活动

农工党上海第二医学院第三届支部（1984年6月） 党员13人
主  委：陶慕章   副主委：叶家书、孙琴娟
委  员：吴嗣洪、叶庆荣

农工党上海第二医科大学第一届总支（1987年1月16日） 党员46人
主  委：朱明德   副主委：吴嗣洪、尹家宁
委  员：沈镜南、叶庆荣、陶鄂

农工党上海第二医科大学第一届委员会（1990年8月10日） 党员130人
主  委：朱明德   副主委：吴嗣洪、方归芬
委  员：叶裕春、叶庆荣、陈庆荣、蒋惠人、袁济民、陶鄂

农工党上海第二医科大学第二届委员会（1993年6月18日） 党员153人
主  委：吴嗣洪   副主委：罗国豪、乐福媛
委  员：叶裕春、叶庆荣、袁济民、陶鄂、江永娣

农工党上海第二医科大学第三届委员会（1996年12月26日） 党员207人
主  委：张定国   副主委：罗国豪（常务）、乐福媛、叶裕春
委  员：陈芳源、朱汉威、宋永健、肖碧兰

农工党上海第二医科大学第四届委员会（2001年12月6日） 党员245人
主  委：冯希平   副主委：陈芳源、朱汉威
委  员：刘建平、胡大佑、管樑、朱淳、孟庆刚、肖碧兰

农工党上海交通大学医学院第五届委员会（2006年10月26日） 党员295人
主  委：冯希平   副主委：刘建平、管樑、朱淳（2008年增补）、胡翊群（2009年增补）、赵强（2009年增补）
委  员：胡大佑、陈芳源、朱淳、邵新华、杨群、夏蓉