医学院自1991年起，在全体师生员工同舟共济不懈努力下，已经走过了20余年的文明单位创建历程，截止2010年，医学院已经获得了上海市文明单位“十连冠”和连续两届获得了“全国文明”单位称号，附属瑞金、六院也两次连获“全国文明”单位，附属仁济医院获全国精神文明建设工作先进单位称号。2011年，第三届全国文明单位的评选，医学院也进入了推荐程序。2010年，附属瑞金、仁济、新华、九院、三院、儿中心、六院、儿童医院、胸科、精中、国妇幼等11家医院获上海市文明单位称号。近年来，每年由上海市教卫文明办组织的上海市高校“文明在线”创建评比中，医学院也屡获网上创建前三名的好成绩。