1．分子生物学
　　[获得科研项目] 已获得53项国家和上海市重大研究项目，其中包括国家杰出人才基金1项、国家自然科学基金9项。
　　[取得科研成果] 在国内国际重要学术期刊发表论文154篇，被SCI/EI/ISTP收录的论文数达76篇，累计影响因子已超过150。申请专利7项，其中1项已授权。
　　[队伍建设及人才培养] 获长江学者与创新团队发展计划2人以及获新世纪优秀人才支持计划2人，培养的博士生已毕业28人、硕士生34人。
　　[基础条件建设] 建立了符合国际标准的人胚胎干细胞系和胚胎干细胞水平研究蛋白质复合体的技术平台。

　2．细胞生物学
　　[获得科研项目]“十五”期间承担在研项目33项，共计308万元，其中973项目子课题2项，国家自然科学基金项目6项。2002年以后新增项目24项，计229万元，其中973项目子课题1项，国家自然科学基金项目5项。
　　[取得科研成果] 发表科研论文71篇，其中SCI收录论文13篇、国外13篇，“溶脲脲原体与生殖健康关系的研究”通过上海市科委组织的成果鉴定，获2005年中华医学科技奖三等奖和上海市医学科技奖三等奖。“UU感染对生殖健康影响的基础与临床研究”获2005年上海市科技进步奖二等奖。申请国家发明专利一项。
　　[队伍建设及人才培养] 已毕业的博士生8人，硕士生7人，其中博士生在毕业前全部已有在SCI杂志上发表的论文。新进博士学历青年教师4名，其中2人有国（境）外博士后经历，3人获得副教授职称，活跃在科研和教学第一线，教师队伍中博士学历比例明显提高。
　　[基础条件建设] 建设和完善医学细胞生物学/生殖生物学技术平台, 提高新建实验室的开放程度，将更多的新型功能研究技术提供给校内外科研人员,提高作为传统项目的大型仪器设备开放服务的质量。

　3．医学免疫学
　基础医学免疫学
　　[获得科研项目] 2002年至2005年学科承担纵向课题46项（其中863、973、国家自然科学基金14项）共获纵向科研经费万元：2183万元。
　　[取得科研成果] 四年来共发表研究论文175篇，其中SCI收录27篇，2005年SCI收录文章影响因子总和为68.8，其中单篇影响因子最高为14.5。“类风关发病机理与T细胞疫苗调节机制”获得德标－中国二等奖，《T细胞疫苗与肽疫苗研究》上海市科技进步三等奖。
　　[队伍建设及人才培养] 四年来本学科新增5名教授（研究员）、4名副教授（副研究员）；新增博士生导师4名、硕士生导师2名；7名中青年教师出国进修并按时返回，成为学术骨干。已有4位青年教师和技术员获得硕士学位，三位获得博士学位，目前有2位正在攻读硕士学位，1位正在攻读博士学。2002年以来,我们先后从美国,日本,瑞士引进三位有相当科研能力的中青年学者,以他们在国外建立的科研思路和方法充实和推动学科的发展,在短短几年中先后获得三项国家自然科学基金项目和上海市重大项目一项。
　　在提高研究生培养质量方面,不但加强了导师对学生的指导和启发,并且实行了每周一次的Journal Club活动,不断提高研究生的阅读和讲解能力,开阔科学研究的思路；选送2位博士生让他们在学业的第三年到国外实验室去进行实验课题，另有一位博士生与法国马赛国立健康研究院联合培养,将同时获得两国的博士学位.四年中共有15人获得硕士学位，18人获得博士学位，目前在读硕士29名，博士16名。
　　[基础条件建设] “十五”期间更新了大量教学仪器，建立了全套多媒体教学实验室，引进国外原版最新教材12本，拍摄教学录象3部，制作多媒体课件3部，大大提高了教学效果。在上海市教育委员会的支持下, 以本学科为核心,筹建了”上海市高校免疫学E-研究院”,以臧敬五为首席研究员, 2004年被批准上海市免疫学交叉学科团队、于2005年被批准为上海市高校免疫学优势学科，使本学科的发展，国内外影响及科研,教学水平更上一个台阶。
临床免疫学
　　[获得科研项目] 共22项，其中课题总金费1655万，国家自然基金项目7项，上海市科委重大项目1项目，上海市风湿病学临床医学中心科研经费900万，上海市教委重点学科科研经费410万，目前在研项目15项目。
　　[取得科研成果] 共发表研究论文49篇，其中SCI收录3篇。获上海市科技进步一等奖、上海市卫生局科技进步二等奖等各类奖项，其中细胞调节、细胞因子与风湿性疾病通过上海市科学技术委员会的成果鉴定，获得2003年度上海医学科技奖二等奖，上海市科技进步三等奖。
　　[队伍建设及人才培养] 现有正教授5名、副教授6名，其中包括博士生导师3名、硕士生导师6名，22名年轻的师资队伍中约84%已达博士或硕士学位，学科平均年龄35岁。学科带头人陈顺乐教授担任亚太地区抗风湿病学会联盟主席（2000-2002）、国际抗风湿病学会联盟常委、美国风湿病学院（ACR）国际顾问委员、中华医学会上海分会副会长；顾越英教授是中华风湿病学会的副主任委员；鲍春德教授是上海风湿病学会主任委员；沈南教授是中华风湿病学会青年委员，通过合作研究机制，从美国耶鲁大学及澳大利亚WEHI研究所引进两名中青年科学家，加强学科基础研究梯队力量，两年来已有9名中青年骨干出国进修培训，大大提高学科发展的后劲和竞争力。此外培养博士生10名及硕士生8名。
　　[基础条件建设] 成立了上海市风湿病临床医学中心。在临床研究基础方面，病房从原先的22张扩建至目前的81张床位，实验室进行了扩建和改建，目前拥有分子遗传、细胞免疫、免疫生化、免疫病理等研究室，目前已建立较大规模的基因分型、基因组扫描、基因表达定量的技术平台。利用自筹经费补充了流式细胞仪、图像分析仪）、双相电泳等设备建设了细胞免疫研究室，对本学科研究课题向功能基因组学方向深入发展奠定了硬件支撑基础。

　4．血液学
　　[获得科研项目] 学科共获得多项国家重点、国家级、省部级和国际合作科研项目，已经完成和在研的代表性科研项目17项，包括863计划1项，973课题及子课题各1项，国家自然科学基金重点项目1项，国家自然科学基金11项，市科委重大项目1项。科研经费达到近5000万元（包括211工程建设投资）。
　　[取得科研成果] 研究成果在国内外发表论文300余篇，其中代表性论文88篇，国际性杂志发表72篇，引证数累计达7000次以上，并且获得国家自然科学二等奖、国家科技进步二等奖等各类奖项20项。
　　[队伍建设及人才培养] 学科积极培养青年学科骨干，有7人获得国家杰出青年，3人获得中科院百人计划，1人获得长江特聘教授，5人获得启明星计划，1人获得曙光计划，1人获得上海优秀青年医学人才计划。先后引进多位海外留学归国人才，成为白血病发病原理和基因产物靶向治疗研究、恶性肿瘤疾病的系统生物学研究、医学基因组学和功能基因组学平台技术建设等重点发展领域的学科带头人和学术骨干。作为学校和医院的硕士和博士培养点，学科已经拥有博士导师8位，硕士导师10位，培养了一批优秀的研究生。
　　[基础条件建设] 建立了一批血液学科临床相关的分子生物学、细胞遗传学、病理学等和基础研究的技术平台包括，同时初步构建了较为完整的基础研究技术体系,建成和在建的平台包括大规模测序技术平台、蛋白质组学技术平台、基因组序列变异性分析系统、基因芯片技术平台、模式生物等技术平台。

　5．内分泌代谢学
　　[获得科研项目] 学科承担了国家自然科学基金、国家教委、卫生部、上海市科委、上海市卫生局、国际合作等各类研究基金项目42项，其中国家自然科学基金项目14项，863项目子课题1项，973计划课题1项，其他各省部级课题16项，共获得科研经费共812.75万元。
　　[取得科研成果] 主编专著21本自项目建设以来，累计发表论著560余篇，70%以上的论著发表于国内核心期刊上，有41篇论著被SCI等检索系统收录。获得各级科研成果奖13项，其中上海市科技进步一等奖1项，省部级二等奖4项，省部级三等奖5项，其他奖3项。《脂肪因子在代谢综合征发生发展中的临床及实验研究》，获得中华医学科技二等奖和上海市科学技术进步二等奖。《丘脑－垂体－肾上腺轴相关研究》，获得教育部提名国家自然科学一等奖。《糖尿病相关基因的研究》，获得上海市科技进步三等奖2项。
　　[队伍建设及人才培养] 共培养毕业博士43名、硕士46名（“十五”期间培养博士18名，硕士14名），还连续两年获得国家教委优秀博士论文奖、两届上海市银蛇奖和特别荣誉奖等多项人才培养奖项；培养博士后和访问学者5名。目前学科成员中获得硕士或博士学位的人数占77％。先后有16位学科骨干出国进修或合作研究，研究论文分别发表在“Gastroenterology”、“JBC”等国外著名杂志。
　　[基础条件建设] 扩建了消化学科的研究基地，目前仁济医院消化学科实验室（上海市消化疾病研究所）实验室面积达800余平方米。同时对实验室进行了全面改建，正式成立了分子生物学、细胞生物学、分子病毒学、生物化学和细菌学、分子病理学实验室以及骨髓干细胞移植实验室等。新增加激光显微切割系统、蛋白质工作站等大型仪器设备，增加了可开展的实验项目，使实验室的仪器配置和总体布局更为合理。

　6．消化内科学
　　[获得科研项目] 承担了各类研究基金项目42项，其中国家自然科学基金项目14项，863项目子课题1项，973计划课题1项，其他各省部级课题16项，共获得科研经费共812.75万元。
　　[取得科研成果] 共发表论文560篇，70%以上的论著发表于国内核心期刊上，其中SCI收录论文共41篇。5年内编写教材或专著共21本。获得上海市科技进步奖10项。获得各级科研成果奖13项，其中上海市科技进步一等奖1项，省部级二等奖4项，省部级三等奖5项。
　　[队伍建设及人才培养] 毕业博士43名、硕士46名；培养博士后和访问学者5名，目前学科成员中获得硕士或博士学位的人数占77％。先后有16位学科骨干出国进修或合作研究。
　　[基础条件建设] 已经成立了上海市脂肪性肝病诊治研究中心和上海市Hp和/或酸相关疾病诊治中心。消化病医院正在筹建中。扩建了消化学科的研究基地，面积达800余平方米。新增加激光显微切割系统、蛋白质工作站等大型仪器设备，增加了可开展的实验项目，使实验室的仪器配置和总体布局更为合理。

　7．整复外科
　　[获得科研项目] 从学科获上海市以上资助课题2002-2005年的57项（国家级13项，上海市34项）我学科共获得其中包括科技部863、973项目及重大国际合作项目共5项，国家自然科学基金8项，上海市科委重点项目及上海市教委重点项目共7项。
　　[取得科研成果] “十五”期间年发表论文数从2001年61篇上升到2004年的116篇。主编专著3部。共获得上海市科技进步奖一等奖2 项，上海市科技进步奖二、三等奖7项；中华医学科技奖二、三等奖3项；上海市医学科技奖二、三等奖5项；其他成果奖二、三等奖5项。
　　[队伍建设及人才培养] 获得上海市以上的人才培养计划10人，包括教育部新世纪人才计划1人，上海市学科带头人计划1人，上海市卫生局百人计划1人，上海市教委曙光计划3人，上海市科委启明星追踪计划2人，启明星计划1人，上海市医苑新星1人。中青年人才承担的课题50项，重要科技奖获奖项目11项，占总数的88%，获奖数也占到科室总获奖数的52%。同时高级职称人才的年轻化，正教授人数从2001年11人到2005年的18人，副教授人数从2001年的25人到2005年的33人；硕士生导师从2001年13人到2005年23人，博士生导师从2001年3人到2005年11人。
　　[基础条件建设] 组织工程实验室扩建已顺利完成。扩建后的实验室包括了细胞培养室、综合实验室、大型仪器设备室、组织学及组织化学实验室、同位素室、清洗消毒室等多个专职功能实验室，研究用的实用总面积近800 m2。新组建了胚胎干细胞研究实验室并附设了生殖医学研究中心（IVF）对学科的仪器设备配备也作了大规模的更新与改进整复外科核心实验室改建场址选择在二医大九院整复外科1楼,包括建设新的颅颌面外科、淋巴水肿和功能康复实验室，面积共250平方米，包括实验室改建与装修、空调、及其他实验室基本设备配置，使其达到专业实验室的基本要求，并已经开始正常运行，投资额度为120万人民币。

　8．口腔颌面外科学
　　[获得科研项目] 在科学研究方面，4年内科研立项72项，总经费达1188.4万元（其中国家级7项，包括“863”子项目2项和国家自然科学基金重点项目1项、国家自然科学基金面上项目10项）。
　　[取得科研成果] 科研成果奖励12项（其中省部级9项，局级3项，包括教育部提名国家科技进步二等奖2项）；发表学术论文共423篇，国外发表39篇（SCIE收录21篇），主编专著18部，参编30部；申请专利8项，其中授权4项，1项为发明奖；主办国际学术会议2次，国内学术会议2次，共计达4881人次；2002年11月创办《中国口腔颌面外科杂志》（主编单位，美国化学文摘（CA）收录期刊）；1992年2月创办的《上海口腔医学杂志》（主编单位）成为Medline收录期刊，使九院2004年度Medline收录论文数量居全国医疗机构排名第1位。
　　[队伍建设及人才培养] 2002年初原学科带头人邱蔚六教授新当选为中国工程院院士，是迄今我国口腔医学界第一位、也是唯一的中国工程院院士。截至2003年底各专业组带头人全部进入全国口腔颌面外科专委会下属的专业学组正副组长。现任学科带头人张志愿新当选为中华口腔医学会口腔颌面外科专业委员会主任委员、中华抗癌协会头颈肿瘤外科专业委员会副主任委员、中国医师协会口腔医师分会副主任委员、上海口腔医学杂志总编、中国口腔颌面外科杂志副主编、亚洲口腔颌面外科医师协会（AAOMS）理事，并获得卫生部有突出贡献的中青年专家。学术队伍建设全国第1位，“十五”期间，学科上海市领军人才1人；上海市卫生局二期“百人计划”1人，上海市教委的“曙光计划”1人，上海市卫生局“医苑新星”1人，上海市科委“启明星后”1人、“启明星”1人。出国研修人员8人次，出国访问50 人次学科还注重35岁以下优秀青年医师的培养，32岁蒋欣泉博士在2005年83届国际牙科研究会年会上，他代表中国第一次获得了国际大奖IADR/Hatton award，成为中国口腔医学界历史性的突破。4年内已毕业博士26名，硕士研究生19名；博士后流动站出站3人。
　　[基础条件建设] 学科总床位数增加到了146张，并新成立了国内第一个小儿口腔颌面外科病区和口腔肿瘤内科治疗病区，病区、手术室和中心监护室条件大大改善，2006年6月还将整体搬迁入总建筑面积39870平方米的20层口腔-整复外科综合大楼；口腔颌面外科肿瘤生物实验室扩建为口腔颌面肿瘤细胞分子生物实验室，2003年作为分支实验室与口腔生物工程实验室、口腔微生物实验室合并获准为上海市口腔医学重点实验室（上海市科委），新添置荧光倒置显微镜等，实验室进一步扩大对外开放，共培养研究生及在研人员51人，国内外开放课题22项，还申请到国家自然科学基金重点项目1项；瞄准国际研究前沿，新建了口腔生物工程实验室（上海市口腔医学重点实验室分支实验室），新购置了Leica荧光微分干涉显微镜、激光共聚焦显微镜，申请到国家高新技术研究发展项目（863计划）子项目；改建成立集国内一流口腔颌面外科内窥镜手术治疗室、关节术后康复治疗室和微创外科研究室为一体的口腔颌面部微创外科研究基地。

　9．儿科学
　　[获得科研项目] 共承担各级各类科研项目115项，其中局级以上项目62项，获科研经费2615.6万元，其中局级以上项目经费2511.2万元。
　　[取得科研成果] 获得包括国家科技进步二等奖励1项在内的局级以上各级各类科研成果奖励20项，实用新型专利3项、发明专利1项，获得局级以上临床医疗成果奖13项。共发表国内统计源期刊论文881篇，国外被SCI收录论文36篇。承担了各级各类教学研究项目6项，其中获得上海市教学成果三等奖1项，主编了多本教材类专著，参与编写了全国高等学校医学规划教材“儿科学”，并主编、主译、参编其他专著22本。
　　[队伍建设及人才培养] 新增硕士导师58名、博士导师20名，招收硕士研究生102名、博士研究生77名，授予硕士学位45名、博士学位37名。博士后进展工作3名，出站1名。有9人次被列入市级以上人才培养计划，其中，教育部优秀青年教师培养计划2名，上海市卫生系统百名跨世纪人才跟踪培养对象5名，上海市优秀青年教师培养计划2名。
[基础条件建设] 相继被批准为上海市小儿心血管病临床医学中心、上海市小儿外科畸形临床医学中心，获得建设经费2000万元；成为教育部重点学科；成为2个上海市第二期重点学科（儿科学、发育生物学），获得建设经费1200万元；获准进行3个上海市医学重点学科建设，建设经费300万元；成为了“上海市环境与儿童健康重点实验室”所在的学科，获得建设经费200万元。

　10．外科学
　　[获得科研项目] 2002年-2005年期间共获得各类科研资助近90项（包括863项目子课题4项、973项目子课题2项、国家自然科学基金课题12项），总经费达3928万元。
　　[取得科研成果] 已获得国家科技进步二等奖、中华医学科技二等奖（2项）、上海市科技进步一、二等奖、上海市医学进步一、二等奖等18项。申请国家发明专利6项，获专利授权3项。共在国际、国内刊物上发表论文1044篇，其中EI、SCI收录63篇。
　　[队伍建设及人才培养] 腹部外科学实现学科带头人老中青的顺利过渡，目前学科带头人李宏为教授在国内具有很高的学术地位，目前承担中华医学会外科学会副主任委员、中华医学会器官移植学会委员、中华医学会外科学会门脉高压症学组副组长、中华医学会上海分会外科学会主任委员、上海市普外科学会主任委员、法国外科学会名誉会员、法国外科学院海外通讯院士。
　　骨关节外科学已形成了以中国工程院院士戴尅戎教授为学术带头人，由15位教授、20位副教授为骨干的师资队伍，其中有博士生导师6位、硕士生导师4位。学科带头人戴尅戎院士先后在多个国际学会上担任重要职务，如世界华裔骨科学会会长、亚太人工关节学会会长、国际生物材料研究会副会长、AO国际内固定学会理事及中国分会会长、国际髋关节学会正式会员、美国骨科学会（AOA）通讯会员等；杨庆铭教授担任了中华医学会骨科学学会副主任委员、人工关节学组副主任委员、上海市骨科分会主任委员，多种医学杂志的副主编和编委等职。他们在国际上均有较高的知名度，积极推动了本学科与国际上一流大学和研究机构的合作。九五建设期间培养的中青年人才已成长为科室的行政领导和学术骨干，已形成戴尅戎院士、杨庆铭教授为首的，朱振安主任、邓廉夫教授为学术骨干的学术的学术梯队。十五期间，学科继续加大对人才的培养力度，又有6人次分别入选教育部高等学校骨干教师资助计划、上海市浦江人才计划、上海市青年科技启明星跟踪培养计划和上海市教委曙光计划、上海第二医科大学骨干师资培养计划等。学科在十五期间新增博导2名，硕导3名。学科还制定了各级各类人才的培养计划和考核办法，以适应学科建设的需要。学科还培养了一批中青年学术骨干，先后入选教育部高等学校骨干教师资助计划有1 人、上海市教委曙光计划1人、上海市浦江人才计划1人，上海市青年科技启明星跟踪培养计划1人等。学科还积极选送优秀人才出国进修以提高竞争能力，使学科后继有人，共有 9人次出国进修或开展合作研究。
　　建设期间共培养博士研究生40名、硕士生58名 。并与法国利多哈大学联合培养博士生1名、与法国里昂大学联合培养硕士1名。
　　[基础条件建设] 上海消化外科研究所完成搬迁，实验用房扩展到近1000平方米，具有一流设备、布局合理、运行良好的实验室，并增设器官移植实验；《外科理论与实践》杂志编辑部搬迁和扩大，顺利过渡为双月刊，并被科技部《科技统计源期刊》收录；微创外科中心的改扩建，初步建成亚洲一流微创外科研究中心，并被上海市卫生局列为微创外科临床医学中心，增设微创外科和器官移植专用病房；九院骨科已初步形成了一体两翼的研发基地。一体即为设在九院骨科内的上海交通大学医学院骨与关节研究中心，由原骨科生物力学研究室改扩建而成，场地面积从原有的100平方米扩大到250平方米，主要面向临床开展动物实验和临床前研究。两翼之一是与中科院-二医大健康科学中心共建的骨科细胞和分子生物学实验室，重点开展有原始创新的基础研究；二是与上海交通大学共建的、落户浦东张江国家级高科技园区的上海交大-二医大医学内植物工程联合研究所，作为科研成果的产业化基地。学科还与法国利多哈大学联合建立了中法生物材料与细胞治疗研究室；瑞金骨科也加强了对其研究基地-上海市伤骨科研究所的建设，改建（造）了实验研究场地，使原有的硬组织形态、免疫组织化学、细胞生物学、分子生物学、生物化学、同位素示踪等研究室使用面积扩大，布局合理；建立了骨软骨组织库、生物材料和组织工程化材料研发基地，已达国际规范标准要求。