上海第二医科大学“十五”“211工程” 建设项目的可行研究报告确定的学校“十五”“211工程”建设的主要内容包括：1）重点学科建设；2）公共服务体系（含教学）建设；3）师资队伍建设等三个部分。“十五”“211工程”建设的主要任务是：

　1．重点学科建设项目
　[分子生物学] 建设蛋白质技术平台、模式生物学技术平台及“瘤苗”临床试剂GMP实验室；开展“肿瘤”蛋白质组学研究，重要基因功能和基因治疗研究；神经递质释放分子机制及脊髓损伤与修复、神经移植免疫生物学研究等。
　[细胞生物学] 建设和完善细胞生物技术平台，开展细胞增殖分化调亡及其调控研究、附睾与精子成熟相关的基因表达特性研究等。
　[免疫学] 建立和完善新的免疫学技术平台，开展自身免疫、免疫应答和中药诱导免疫抑制、移植耐受研究；风湿病学分子遗传、诊治策略等研究，建设全国培训基地。
　[血液学] 建设、完善血液基因组学技术平台，开展白血病、血栓与止血的基础和临床研究以及血液病新基因的克隆和功能研究，开发基因芯片技术的临床应用。
　[内分泌代谢学] 建设、完善内分泌代谢病基础与应用技术平台，开展代谢综合病、甲状腺疾病等基础与临床研究；开展下丘脑－垂体－肾上腺轴基因表达谱和中药基因组学研究。
　[消化内科] 建设消化系疾病分子生物技术平台，开发激光、光声光谱、分子生物学技术；组建内镜中心，重点开展胃癌、HP感染、慢肝、重症胰腺炎等基础与临床研究。
　[整复外科学] 充实、完善组织工程学技术平台，开发组织工程化人体组织，探索颅面外科、显微外科体面器官再造颌修复等新技术。
　[口腔颌面外科学] 新建口腔生物组织工程实验室、生物医学图像实验室，充实内镜技术平台，开展口腔颌面部肿瘤、畸形及颞下颌关节等基础与临床研究。
　[儿科学] 重点开展心血管先天性疾病、环境与儿保、遗传性疾病干细胞治疗、小儿血液与肿瘤的基础与临床研究，并充实相应的技术平台。
　[外科学] 重点开展腹部、骨关节、烧伤、血管外科的基础与临床研究，并充实完善相应的技术平台及研究室。

2．教学及公共服务体系建设项目
　[教学] 课程、专业、教材建设（长学制教育的课程开发，英（法）原版教材引进，视听、CAI课件开发等）教学设施基地（新建、改建多媒体教室等）基础教学实验室建设（建设公共建设、医学形态学、医学机能学、病原生物学等综合性实验室）六个临床医学院实训中心建设（建立手术闭路电视系统，临床医学、口腔医学、医学护理等实训中心）。
　[公共服务体系] 数字化校园建设（智能化校园网升级、校园网扩容、校园“一卡通”应用、无线网络应用、网络教学资源存储与共享系统等）图书馆建设（OVID整合型医药文献数据库、医学全文光盘数据库（PML）、ProQuest博士论文库（PQDD）、BIOSIS Preview数据库、学术信息，资源体系、数字化图书情报应用项目）实验动物科学部建设（单向层流屏障环境实验室、大型动物试验基地、全价营养颗粒饲料制备室、生化实验室和动物手术室改扩建）档案馆建设（数字档案管理系统、档案装具及辅助设施、馆库扩建）。

3．师资队伍建设项目
　　国内外顶尖人才引进；博士后经费资助及博士后公寓建设;外籍兼聘教师；选拔中青年骨干赴国外进修、学术交流；论文发表、科技成果奖励、补贴科研酬金；杰出人才、学科带头人、导师津贴；三级“优青”资助、社会考察；国内进修、学历培训；选留优秀应届博士生、硕士生。